К сентябрю он принял решение: писать диссертацию все-таки у Зееберга, но соединив догматику с историей. Дитрих выбрал тему, над которой задумался еще в Риме, а именно: что представляет собой Церковь. В итоге диссертация была озаглавлена: «Sanctorum Communio: Догматическое исследование социологии Церкви». Бонхёффер рассматривал Церковь не как историческое явление и не как учреждение, но как «Христа, присутствующего в церковной общине». То было весьма неортодоксальное начало для профессионального богослова.
В эти три года учебы в Берлине Бонхёффер работал как вол и все же уложился с докторской диссертацией всего в полтора года. При этом он вел полную и разнообразную жизнь также вне академического мира, посещал оперы, концерты, выставки и театр, переписывался с многочисленными друзьями, родственниками и коллегами, часто путешествовал, то выезжая на выходные во Фридрихсбрунн, то отправляясь в длительные поездки или походы, как в то лето – к Балтийскому морю. В августе 1925 года он отправился на полуостров Шлезвиг-Гольштейн, а оттуда вышел под парусом в Северное море. В августе 1926 года он вместе с Карлом-Фридрихом наведался в Доломиты и посетил Венецию. В апреле 1927 года Дитрих с младшей сестрой Сюзи и парой друзей (тоже брат с сестрой, Вальтер и Ильзе Дресс) осваивали германские пейзажи. Сюзи и Вальтер, как и многие другие дети, выросшие вместе в Грюневальде, вскоре сблизились и вступили в брак.
Немало времени проводил Дитрих и дома. Номер 14 по Вангенхаймштрассе был, что называется, ульем наук и искусств. Ежеминутно заглядывали друзья, родственники, единомышленники. Дети подрастали, женились и выходили замуж, обрастали своими детьми и в полном составе являлись с визитами в родительский дом. Между Бонхёфферами, несмотря на такое приумножение их числа, поддерживались крепкие, чуть ли не повседневные связи. Бабушка Бонхёффер переселилась из Тюбингена в дом на Вангенхаймштрассе, и теперь тут порой собирались все четыре поколения семьи. Сохранилась традиция субботних музыкальных вечеров, чуть ли не каждую неделю кто-нибудь отмечал день рождения или иную дату.
Сверх того у кандидата богословия имелись и обязанности в приходе. Он мог бы получить освобождение в связи с огромным объемом лежавшей на нем академической работы, но, что характерно для Бонхёффера, он, напротив, даже брал на себя сверх необходимого и увлеченно преподавал в воскресной школе при местной церкви в Грюневальде. Его непосредственным начальником был молодой пастор Карл Мойманн, и Дитрих вместе с другими учителями готовился каждую пятницу к занятиям на дому у Мойманна. Воскресная школа стала для него важнейшим делом, и он уделял подготовке много времени. Кроме того, ему часто доверяли читать проповеди, в которых он прибегал для наглядности к сюжетным рассказам, порой сочиняя притчи или волшебные сказки. С отъездом Сабины Дитрих еще более сблизился с младшей сестрой, Сюзанной, уговорил ее помочь ему в преподавании, и вскоре дети из воскресной школы стали появляться у них в гостях, собираться для игры или для прогулок по предместьям столицы.