Клинические проявления мочеполового хламидиоза отличаются большим разнообразием. Различают острое, подострое, хроническое и скрытое его течение. При острой форме у больных выявляются гиперемия слизистых оболочек мочеиспускательного канала, шейки матки, иногда учащение позывов к мочеиспусканию, слизисто-гнойное отделяемое из мочеиспускательного канала, влагалища. При подостром и хроническом течении болезни эти симптомы у мужчин и женщин выражены слабее, гнойно-слизистые выделения наблюдаются лишь утром. При скрытой форме больные обычно не предъявляют жалоб, а в отделяемом из мочеполовых органов обнаруживаются хламидии.
У мужчин первично поражается мочеиспускательный канал; беспокоят обычно скудные выделения из уретры, умеренная болезненность при мочеиспускании. Иногда больные описывают эти жалобы как зуд или жжение в мочеиспускательном канале. При отсутствии лечения хламидийный уретрит может осложняться орхоэпидидимитом (у 56% больных), простатитом (у 46%), везикулитом (у 17%), реже парауретритом или куперитом.
У инфицированных женщин чаще поражается канал шейки матки, реже – первично мочеиспускательный канал. Больные предъявляют жалобы на выделения из влагалища, боль при мочеиспускании, кровянистые выделения в середине менструального цикла из влагалища или после полового акта, тяжесть внизу живота и боль в области поясницы.
У многих больных развивается восходящая инфекция, при этом поражается матка, маточные трубы, яичники, может воспаляться и брюшина. Из мочеиспускательного канала хламидии могут проникать и в мочевой пузырь, вызывая цистоуретрит. У женщин и у гомосексуалистов иногда диагностируется хламидийный проктит, часто протекающий малосимптомно или бессимптомно.
У отдельных больных хламидиоз протекает в тяжелой форме, при этом наряду с поражением мочеполовых путей наблюдаются специфические изменения суставов, конъюнктивы глаз, иногда кожи и слизистых оболочек полости рта. Встречаются тяжелые поражения хламидиями внутренних органов: миокардиты, очаговые гломерулонефриты, пиелонефриты, невриты периферических нервов и др. У женщин болезнь отрицательно сказывается на течении беременности и может передаваться новорожденным. Нередко хламидиоз является причиной бесплодия как у мужчин, так и у женщин. Chlamydia trachomatis выявляют в матке и придатках большинства женщин с хламидийным цервицитом в отсутствие симптомов эндометрита и сальпингита. У большинства женщин с трубным бесплодием, обусловленным хламидийной инфекцией, отсутствуют данные о воспалительных заболеваниях матки и придатков.