В Амстердаме же Петр знакомится с богатыми ботаническими и зоологическими коллекциями, устроенными амстердамским городским управлением. 7 сентября великое посольство и в его составе Петр, по преданию в сопровождении того же профессора Рюйша, посетило амстердамский ботанический сад, где представлены были экземпляры индийской флоры, и состоявший при саде музей с редкостными образцами морской фауны экзотических владений Голландии. «Сентября в 7 день, – читаем в Статейном списке посольства, – великие и полномочные послы были в Амстрадаме с приставы своими и гуляли в огороде, которой огород называется Гортус Медикус (Hortus Medicus), или огород лекарственной, тот огород строится всем Амстрадамом. В том огороде зело многое множество древ иностранных, а именно: из Индии – масличные и коричные, и померанцевые, и кипарисы, и цитроновые и прочие; также многие благоуханные травы и разные видами; и устроены тем древам и травам изрядные места, и вносятся в хладное время в амбары, а травам сделаны места и сысподи печи (оранжереи). В том же садовом дому в амбаре стоят многие скляницы и сулейки, и стаканы, а в них в спиритусе морские дивы, во всяком судне особо – змии, крокодилы, саламандры и иные многие» [3] . Предприняв путешествие по Голландии для обзора ее достопримечательностей, Петр посетил знаменитый тогда Лейденский университет, где опять особенное внимание обращено было на анатомический музей: «Были в Академии и в Анатомии», – как записано в его дневнике (Юрнале). При проезде через город Дельфт Петр знакомится с знаменитым зоологом Левенгуком, впервые начавшим применять микроскоп в исследовании по зоологии. Царь с большим интересом, как говорит местное предание, осмотрел находившиеся в этом городе оружейные заводы. Ему, как и всегда, надоедала неотвязчиво следовавшая за ним толпа любопытных, и вот, чтобы избавиться от нее, он сел в яхту и отплыл на середину реки Ши, на которой расположен Дельфт, пригласив с собою Левенгука.
Здесь на яхте Левенгук показывал ему усовершенствованные им микроскопы и объяснял закон кровообращения, демонстрируя его на препаратах. Царь с большим удовольствием занимался наблюдениями в микроскоп [4] . Насмотревшись на естественно-научные коллекции в Голландии, Петр там же стал заводить свою естественно-научную коллекцию. Из Амстердама отправлялись в Россию морским путем через Архангельск купленные им зоологические экземпляры: крокодил, рыба «швертфиш» и целый ряд морских редкостей, животных и растений «в скляницах», т. е. в банках со спиртом; для них заказаны были деревянные футляры или ящики «ковчежцы», куда их помещали, перекладывая хлопчатой бумагой [5] . Эти коллекции послужили впоследствии основанием Кунсткамеры при Академии наук в Петербурге. Вероятно, зная об интересе, проявленном Петром к естественно-историческим коллекциям, некий голландец поднес ему, как записано в расходной книге, «две доски мух», т. е. две доски с наколотыми на них экземплярами насекомых, за что получил очень большое по тому времени вознаграждение: четыре пары соболей в 60 рублей [6] .