Провалом закончился и поход Джемаль-паши через Сирию для освобождения Египта от англичан. Лишь на Иракском фронте турки добились временных успехов. Тем не менее, вплоть до конца войны Энвер пользовался доверием в правительстве и расположением султана. Немцы, с которыми он согласовывал все планы военных операций, использовали особенности его характера — несдержанность, отсутствие такта, преувеличенное самомнение и тщеславие. Генерал-фельдмаршал П. фон Гинденбург отмечал даже отсутствие у Энвера знаний основ военного искусства. Но берлинское начальство ценило его за верность союзу с Германией, и генерал-квартирмейстер штаба верховного командования Э. Людендорф полагал, что сохранение Энвера в правительстве является залогом того, что «Турция останется с нами до конца».
На Энвере и его сподвижниках лежит главная вина за геноцид против греков (в западнотурецких городах), ассирийцев (в Восточной Турции) и христиан-армян. Особенно тяжко досталось последним. Сохранившийся от древности и средневековья территориальный «армянский клин» разрывал «тюркскую непрерывность» в Закавказье. Армян обвинили также в предательстве турецких интересов и пособничестве русской армии. Мобилизованных в турецкую армию армян разоружили, расчленили на небольшие отряды и перебили. Кроме того, было уничтожено много мирного населения, а сотни тысяч человек депортированы. Погибли 1,5 млн армян и 0,5 млн ассирийцев. Их имущество разграбили, дома сожгли. Когда Берлин попытался несколько урезонить своего союзника, Энвер ответил: «Я делаю то же, что немцы сделали с поляками».
Триумвират во главе с Энвером после Октябрьской революции в России и Брестского мира, под которым от Турции стояла подпись великого везира Талаат-паши, решил осуществить теперь «стратегию Турана». По личному плану Энвера была создана «Армия ислама» во лаве с Нури-пашой, предназначенная для вторжения в российский Азербайджан. Когда турецкие войска на всех фронтах уже отступали, «Армия ислама» в июне 1918 г. сокрушила только что возникшую Аракскую республику в Нахичевани, а затем, обойдя Карабах, вошла 15 сентября 1918 г. в Баку. Ее пребывание там сопровождалось кровопролитием, резней, погромами и расхищением имущества. Погибло еще 30 тыс. армян. Но Энверу не удалось ни превратить Азербайджан в отдельную монархию, ни присоединить его к Турции. Получив сообщение своего дяди Халиль-паши о невозможности обеспечить его приезд в Баку, где Энвер намеревался прочно обосноваться, он сообщил всем командующим армиями о собственной отставке.