Закон допускает возможность направления на АГС и в организации военного подчинения в качестве гражданского персонала. По перечню на 2011 год таких организаций было немного: два строительных управления Спецстроя в Удмуртии[11]. В перечне 2012 года нет ни одной. В прошлые годы военные ведомства заявляли в перечень вакантные должности на военных заводах (например, Центр по ремонту и утилизации вооружения и военной техники в г. Вилючинске Камчатской области, 69-й ремонтный завод ракетно-артиллерийского вооружения в Калининграде). Для многих верующих и других имеющих твердые антивоенные взгляды людей неприемлема любая работа на военную организацию. Хотя закон оговаривает, что «размещение граждан, проходящих альтернативную гражданскую службу в организациях Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов, в одном здании с военнослужащими, проходящими военную службу по призыву, не допускается» (статья 20), этого, конечно, недостаточно.
Дело в том, что когда гражданин направляется в военное подчинение, он, если следовать Конституции, попадает не на АГС, а на АВС — на некую «альтернативную военную службу», т. е. службу без оружия и присяги. Сводить все к невозможности брать в руки оружие и произносить слово «клянусь» — устаревшее представление. Но оно до сих пор сидит в головах. Тогда как нынешний этап развития конституционализма, демократии и права прав человека позволяет говорить о нравственном и одновременно рациональном (нравственно-рациональном) выборе человека — отказника от военной службы.
Направление в организации военной подведомственности изначально критиковалось правозащитниками как нарушающее предусмотренный Конституцией исключительно гражданский характер альтернативной службы. На основании заключения российских неправительственных экспертов еще в ноябре 2003 года на 79-й сессии Комитета ООН по правам человека было отмечено, что российский закон об АГС «не гарантирует, что задачи, которые должны будут выполнять отказники, будут совместимы с их убеждениями»[12].
И проблема службы в военной системе, и другая существенная трудность — бедность, на которую обрекаются альтернативнослужащие, зарабатывающие в социальной сфере меньше прожиточного минимума, были бы не столь критичны, если бы граждане, подтвердившие свое право на АГС, могли выбирать из утвержденного перечня подходящее место службы. Одни согласились бы на должность санитара с маленькой зарплатой, считая неприемлемой работу на военном заводе. Другие пошли бы строителями. Многие не возражали бы против работы по специальности, пусть и вдали от дома. тех же, кто не высказал никаких предпочтений, Роструд распределял бы по собственному усмотрению.