В пункте 4 статьи 12 закона об АГС содержится исчерпывающий перечень оснований отказа. Их пять:
1) гражданин нарушил срок и (или) порядок подачи заявления, определяемые статьей 11 закона и положением о порядке прохождения альтернативной гражданской службы;
2) характеризующие его документы и другие данные не соответствуют доводам гражданина о том, что несение военной службы противоречит его убеждениям или вероисповеданию;
3) в заявлении гражданина и прилагаемых к нему документах указаны заведомо ложные сведения;
4) он дважды вызывался на заседания призывной комиссии и не являлся на них без уважительной причины;
5) ранее ему была предоставлена возможность пройти альтернативную службу, и он от нее уклонился.
При этом ни одно из перечисленных оснований отказа не является императивным: во всех указанных случаях призывная комиссия может, но не обязана принять решение об отказе. Так, комиссия вправе принять положительное решение и при незначительном (или даже значительном) нарушении срока подачи заявления, установленного статьей 11, либо при отсутствии предусмотренных законом характеристик или одной из них.
Нарушение срока подачи заявления наиболее распространено и влечет в большинстве случаев отказ в праве. И все же гражданину, подавшему заявление не вовремя, надо не отчаиваться, а всерьез готовиться к заседанию. Отстаивание своей позиции следует вести в этом случае по двум направлениям: во-первых, обосновывая уважительность причин пропуска срока, во-вторых, стараясь убедить комиссию, что, несмотря на допущенное нарушение, намерения заявителя серьезны и заслуживают внимания. Конечно, хорошо, если причины пропуска срока уважительные (болезнь, командировка) и их удастся объяснить с документами на руках. Но даже при отсутствии бумажных доказательств нужно убедить комиссию, что конституционное право, защищающее свободу совести и убеждений, не должно полностью ликвидироваться из-за малозначительных формальных несоответствий.
17 октября 2006 года Конституционный Суд РФ принял Определение по жалобе граждан Жидкова и Пильникова (см. в приложении), которым призывные комиссии отказали в праве на АГС по причине пропуска срока подачи заявления. Конституционный Суд пришел к выводу, что «федеральный законодатель не вправе ограничивать процедурными нормами, принятыми в целях рационализации деятельности государственных органов, свободу совести и вероисповедания и связанное с ней право на альтернативную гражданскую службу. Следовательно, статья 11 Федерального закона «Об альтернативной гражданской службе» — с учетом приведенной правовой позиции Конституционного Суда Российской Федерации — не может рассматриваться как устанавливающая такие сроки обращения гражданина с заявлением о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, которые не могли бы быть восстановлены при их пропуске по уважительным причинам». Толкование закона, данное Конституционным Судом, обязательно для всех государственных органов и обжалованию не подлежит.