Исключение из общего правила составляет порядок, предусмотренный в абзаце четвертом пункта 1 статьи 11 Федерального закона «Об альтернативной гражданской службе»: граждане, пользующиеся отсрочками от призыва на военную службу, сроки действия которых должны истечь после очередного призыва на военную службу, при преждевременном прекращении основания для отсрочки вправе подать заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой после 1 апреля или после 1 октября в течение 10 дней со дня прекращения основания для отсрочки, т. е. независимо от сроков призыва на военную службу. Это обусловлено такими обстоятельствами, которые не позволяют гражданину заранее уведомить военный комиссариат о намерении воспользоваться правом на альтернативную гражданскую службу, а потому вопрос о прохождении военной службы должен решаться в ближайший по отношению к дате прекращения отсрочки призыв (весенний или осенний) либо в период текущего призыва.
Помимо сроков подачи заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой граждане обязаны соблюдать порядок подачи и рассмотрения названного заявления: согласно той же статье граждане, изъявившие желание заменить военную службу по призыву альтернативной гражданской службой, должны обосновать, что несение военной службы противоречит их убеждениям или вероисповеданию; к заявлению прилагаются автобиография и характеристика с места работы и (или) учебы гражданина (для работающих (работавших) и (или) учащихся (учившихся)); к заявлению гражданин вправе приложить другие документы; военный комиссариат выдает гражданину документ, подтверждающий регистрацию заявления.
По итогам рассмотрения заявления призывная комиссия выносит заключение о замене гражданину военной службы по призыву альтернативной гражданской службой либо принимает мотивированное решение об отказе в такой замене; заключение (решение) выносится (принимается) простым большинством голосов при участии в заседании не менее двух третей членов призывной комиссии и объявляется гражданину, в отношении которого оно принято, с выдачей ему копии заключения (решения); гражданину может быть отказано в замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой в случаях, если он нарушил срок и (или) порядок подачи заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, характеризующие его документы и другие данные не соответствуют доводам гражданина о том, что несение военной службы противоречит его убеждениям или вероисповеданию, в заявлении гражданина о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой и прилагаемых к нему документах указаны заведомо ложные сведения, он дважды вызывался на заседания призывной комиссии и не являлся на них без уважительной причины, ранее ему была предоставлена возможность пройти альтернативную гражданскую службу и он от нее уклонился (пункты 3 и 4 статьи 12 Федерального закона «Об альтернативной гражданской службе»).