До конца восемнадцатого века Средняя Азия была недоступна для европейцев, и лишь в середине девятнадцатого века путешественник из Европы обратил внимание на бухарских евреев. "В Бухаре десять тысяч евреев, - сообщал он. - Большинство - красильщики и торговцы шелком. Их синагога очень старое, но прекрасно сохранившееся здание". Примерно в то же время сообщал о них и русский исследователь Средней Азии: "Права евреев необычно стеснены. Так, например, они не смеют носить чалмы, а должны покрывать головы свои небольшими шапочками из темного сукна… Кроме того, каждый мусульманин в городе может почти безнаказанно бить еврея, а за городом почти столь же безнаказанно и убить его… Еврея, попавшегося в первый раз в каком-нибудь преступлении, не наказывают смертью, а заставлять выкупить жизнь переменою веры. Если он на это согласится, то его тотчас выводят из жидовского квартала, разводят с женой, если он женат, и весьма долго и строго наблюдают, точно ли он исполняет правила Корана, и за малейшие отступления от них наказывают смертью".
В разные времена и при разных правителях евреев принуждали принимать ислам, и были в Средней Азии целые кишлаки насильственно обращенных. В Бухаре даже возникла община тайных евреев под названием "чала", что в переводе с таджикского означает "ни то, ни се". Эти люди селились в городе в отдельном квартале, жили замкнуто, жен выбирали только среди своих, и хотя внешне они исповедовали ислам, но тайно соблюдали законы еврейской веры. В девятнадцатом веке община "чала" увеличилась за счет новой волны насильственно обращенных, а один из бухарских евреев по имени Худайдад предпочел умереть, но не отрекся от своей веры. (В том же веке евреи из персидского города Мешхеда, насильственно обращенные в ислам, бежали в Среднюю Азию и вернулись там в иудаизм. В Бухаре они со временем слились с бухарскими евреями, а в Туркмении образовали особую общину потомков мешхедских евреев - несколько сот человек - и называют себя "ирани".)
Еврейская жизнь в Средней Азии была стеснена многими ограничениями. "Дома, в которых они жили, - сообщал русский чиновник в своем отчете, - и лавки на базаре, в которых красили шелк, отмечались черным флажком, чтобы праведный мусульманин не призвал на такой дом по ошибке благословение Господне, а нищий не обратился бы с просьбой о милостыне". Евреям запрещали покупать дома у мусульман и строить новые синагоги; они не могли свидетельствовать в мусульманском суде; каждый мужчина в еврейской общине, начиная с тринадцати лет, платил особый налог, от которого освобождались только нищие и слабоумные; получив от еврея деньги в уплату этого налога, сборщик налогов обязан был дать ему две пощечины; от этих пощечин откупались еще одним налогом, сбор с которого шел на расходы по кухне эмира; и, наконец, каждый еврей обязан был подпоясывать свой халат особой "веревкой проклятия", чтобы всякий мог отличить его на улице от мусульманина. Евреи даже опасались в дождливую погоду выходить из дома, потому что капли с их одежды могли попасть на правоверного мусульманина и "осквернить" его, - а за это наказывали.