Бухарские евреи надеялись на улучшение своего бедственного положения, и русский дипломат отметил, что в Бухаре рабы, евреи и индусы "желают прихода русских…" С 1864 года русские войска стали постепенно продвигаться в глубь Азии, захватывая местные эмираты и ханства, овладели Чимкентом, Ташкентом, Самаркандом, и огромные территории Средней Азии стали частью Российской империи. На этих землях было образовано Туркестанское генерал-губернаторство, включенное в состав империи, а уменьшенный в размерах Бухарский эмират и Хивинское ханство признали свою зависимость от России. Многие евреи переселились в Туркестанский край, где они получили равные права с остальным населением, а часть их осталась в Бухарском эмирате и подчинялась его ограничительным законам. Евреи страдали там от многих притеснений, носили особый знак на платье, и их даже принудили возместить три четверти от той огромной контрибуции, которую эмир выплатил России после своего поражения.
Английский путешественник писал во времена русского протектората: "Евреи в Бухаре народ замечательно красивый, с приятными чертами и кротким выражением лица. Замкнутые в восточном гетто и долго подвергаясь жестоким преследованиям, они до сих пор сохранили в обязательном костюме и во всей внешности печать угнетенного племени". Другой иностранный исследователь отметил: "В то время, как ростовщичество в Туркестане всецело в руках индусов, бухарские евреи занимаются исключительно торговлей и промышленностью…, аптекари и врачи также евреи. Бухарские евреи чистоплотны, скромны и вежливы… Как прокаженные, они обязаны жить в особых кварталах… Евреи пользуются полной религиозной свободой в русских областях Центральной Азии; политическое и социальное положение их такое же, как и всех прочих обывателей. Поэтому они видят в русских безусловно освободителей и при всяком случае усердно помогают им".
После прихода русских многие насильственно обращенные в ислам стали открыто соблюдать законы еврейской веры. Бухарские евреи были очень религиозны, и некоторые из них ездили в Иерусалим поклониться святым местам. Офицер русской армии, служивший в Средней Азии, писал о тамошних евреях: "Когда юноша подрастет, то родители стараются ему подыскать подходящую невесту. Женятся очень рано, почти детьми… Супруги живут, обыкновенно, согласно. Случаи развода весьма редки… Среднеазиатские евреи относятся с большой любовью и уважением к своим подругам; оберегая их от постороннего глаза, обращаются с ними мягко и заставляют своих женщин трудиться только перед торжественными событиями; в обыкновенное же время в обеспеченных семействах на еврейку возлагается главным образом забота о детях. Бесплодие - величайшее несчастье, а рождение сына - величайшее счастье. Женщина, ожидающая прибавления семейства, окружается особым попечением…"