В последние годы работы, выпавшие на времена Андропова и позже, А.И. пришлось особенно часто вставать на защиту работавших в его системе людей. В своих оценках сотрудников министерства, директоров он всегда исходил прежде всего из деловых качеств и заслуг и, когда на них начинали атаку за какие-либо прегрешения морального, или меркантильного характера, не считал этого достаточным основанием для освобождения от должности.
Так он вступился за генерального директора рижского НПО «Альфа» Лысенкова, у которого пытались отобрать домик на садовом участке, якобы не соответствовавший установленным нормам. Вопрос ставился следующим образом: либо домик, либо партбилет со всеми вытекающими последствиями. Оппонентом А.И. выступал Б.К. Пуго, тогда еще работавший в Латвии. С помощью Устинова министру удалось отстоять своего директора, кстати, инвалида войны. Аналогичная история была в Киеве, и борьба там тоже была длительной и напряженной, стоившей А.И. много нервов. В борьбе за генерального директора В/О «Электронзагранпоставка» Ю.В. Стечишина А.И. пришлось выступать против секретаря парткома своего же собственного министерства. На сей раз, как ни бился А.И. за активного и предприимчивого работника, ему пришлось, скрепя сердце, уступить.
Особенно долго длилось противостояние А.И. с директивными органами по поводу В.М. Пролейко. Пролейко пришел в ГКЭТ при организации комитета в 1961 году. Он был первым руководителем Главной инспекции по качеству, а в 1967 году руководил разделом электроники в Советском павильоне на Всемирной выставке Expo-67 в Монреале. В начале 1968 года он был назначен начальником Главного технического управления, позже преобразованного в Научно-техническое (ГНТУ) МЭП, а вскоре стал членом коллегии. А.И. Шокин ценил его, поскольку можно смело утверждать, что второго такого начальника ГНТУ в смежных министерствах не было. Его сманивали в другие ведомства: в Госплан, в ГКНТ.
Но в последние годы пребывания Шокина министром компетентные органы стали выходить к нему с предложением освободить Пролейко от должности: то он (уже невыездной) путешествует по отдаленным областям страны, то на работу не тех людей берет, ну и т. д.[338] А.И. наотрез отказывался это даже обсуждать, пока ему будут подсовывать данные неведомого происхождения или анонимки. Он прямо заявлял, что подобные предложения являются возвратом к практике тридцатых годов, а вина человека может быть установлена только в судебном порядке.
В рамках этой кампании Прокуратурой СССР Пролейко был обвинен в спекуляции магнитофонами, а потом в якобы незаконной передаче сотрудникам МЭП трех искусственных клапанов сердца