На Афоне Паисий оказался в 1746 году, там обнаруживает практически духовную пустыню, потому что не смог найти даже таких духовных руководителей, которые были в Молдавии. Он начинает подвизаться практически как отшельник, затем вокруг него формируется братство, славяно-румынское по своему языку.
Оно было достаточно большое, поэтому он возвращается в Румынию в 1763-м году и получает в свое управление Святодуховский монастырь Драгомирна, где начинает строить монастырь с нуля. Уже сам, являясь идеальным руководителем для своей братии, он строит идеальный монастырь, который не нашел в эпоху скитаний.
Через 11 лет, в 1774 году им приходиться уйти из Драгомирны, потому что эта территория по результатам русско-турецкой войны отходит католической Австро-Венгрии, и православные бегут из той части, которая отходит католической Австрии, на восток. Паисий с братией получает новый монастырь в управление недалеко от Ясс, Секуль, в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Он оказывается для них мал, и скоро им передают другой монастырь Нямец, тоже под Яссами, где Паисия возвели в сан архимандрита. Здесь он и умирает в 1794-ом году, но в конце жизни управляет несколькими монастырями, и Секулем, и Нямецем. В конце жизни у него в послушании было несколько сотен монахов. Многие из них были из России, в том числе те, кто вернулись в Россию или в конце жизни Паисия, или после его смерти.
Они во многом станут проводниками новой монастырской традиции на территории России. Именно из его круга выходит преподобный старец Федор, будущий руководитель преподобного Льва Оптинского – первого Оптинского старца, основателя старчества Оптиной пустыни.
В ходе боевых действий, которые идут вокруг этого региона, Яссы посещает светлейший князь Григорий Потемкин, едет из Ясс в Нямецкий монастырь, встречается с Паисием и, видимо, проявляет к нему благорасположение. Возможно, эта встреча Паисия с Потемкиными и явное покровительство Потемкина Нямецкой обители во многом смягчило отношение в России к Паисиевским реэмигрантам, монахам. Поэтому возможные тяжелые последствия по отношению к ним по возвращении в Российскую Империю не реализуются. Это гипотеза, но, видимо, так и было.
Стоит назвать принципы паисиевской традиции. Прежде всего, Паисий строит общежительное монашество с самого начала. Оно позволяет православному монаху в наибольшей степени реализовать обет нестяжания. Хотя монастырь имеет имущество, но каждый монах в отдельности ничего не имеет, он все отдает братству и получает все от братии – пищу, одежду, книги… Такой общежительный монастырь – первый принцип паисиевского монастырского творчества.