Скифы выбрали стратегию изматывания персов, бесконечно отступая и кружа вокруг войск Дария. Таким образом, скифы, оставшись непобежденными, заслужили себе славу безупречных воинов и стратегов. В IV веке скифский царь Атей, проживший 90 лет, объединил все племена скифов от Дона до Дуная. Скифия в этот период достигла своего высшего расцвета: Атей был равен по силе Филиппу II Македонскому, чеканил собственную монету и расширял свои владения. Особые отношения у скифов были с золотом. Культ этого металла даже стал основанием для легенды о том, что скифам удалось приручить грифонов, охраняющих золото.
Возрастающая сила скифов заставила македонян предпринять несколько масштабных вторжений: Филипп II в эпическом сражении убил Атея, а его сын, Александр Македонский, пошел войной на скифов спустя восемь лет. Однако великому полководцу не удалось разгромить Скифию и пришлось отступить, оставив скифов непокоренными.
На протяжении II века сарматы и другие кочевники постепенно вытесняли скифов с их земель, за ними остались только степной Крым и бассейн нижнего Днепра и Буга, и в итоге Великая Скифия стала Малой. После этого Крым стал центром скифского государства, в нем появились хорошо укрепленные фортификации – крепости Неаполь, Палакий и Хаб, в которых скифы укрывались, воюя с Херсонесом и сарматами. В конце II века Херсонес обрел могущественного союзника – понтийского царя Митридата V, который пошел войной на скифов. После многочисленных сражений скифское государство было ослаблено и обескровлено.
BI и II веках нашей эры скифское общество уже сложно было назвать кочевническим: это были земледельцы, достаточно сильно эллинизированные и смешанные этнически. Кочевники-сарматы продолжали теснить скифов, а в III веке начинается вторжение в Крым аланов. Они опустошили последний оплот скифов – Неаполь Скифский, располагавшийся на окраине современного Симферополя, но не смогли остаться надолго на захваченных землях. Уже вскоре началось вторжение на эти земли готов, объявивших войну и аланам, и скифам, и самой Римской Империи.
Ударом по Скифии, таким образом, стало нашествие готов около 245 года нашей эры. Все крепости скифов были разрушены, а остатки скифов бежали на юго-запад Крымского полуострова, прячась в труднодоступных горных районах.
Несмотря на кажущийся очевидным полный разгром, Скифия еще недолго продолжала свое существование. Крепости, оставшиеся на юго-западе, стали прибежищем для спасавшихся бегством скифов, также несколько поселений было основано в устье Днепра и на Южном Буге. Однако и они скоро пали под натиском готов.