За непременного секретаря академик Ферсман».
Результаты работ на Богдо И. А. Ефремов изложил в своей первой научной статье об условиях захоронения остатков лабиринтодонтов в прибрежных морских отложениях, опубликованной в «Трудах Геологического музея». Эти данные были начальным звеном в цепи наблюдений, которые через 10 лет обозначились как учение о захоронении, а в 1940 г. были объединены под общим названием тафономии. Поездка на Богдо имела не только научное значение. Яркие впечатления о своей первой, достаточно трудной и опасной работе были записаны Иваном Антоновичем, и академик А. А. Борисяк в 1930 г. опубликовал их в своем очерке как воспоминания «самого юного охотника» за ископаемыми. Более того, эти впечатления, «окрашенные дыханием фантастики», позднее трансформировались у самого И. А. Ефремова в один из лучших рассказов.
В 1927 г. опять же по настоянию своего учителя Иван Антонович отправляется в самостоятельную палеонтологическую экспедицию на реки Шарженгу (приток р. Юга) и Ветлугу (приток р. Волги). Он проводит раскопки и привозит изумительную по сохранности коллекцию черепов раннетриасовых лабиринтодонтов. Удача окрылила начинающего палеонтолога и порадовала его учителя, увидевшего в юноше подтверждение своих надежд. Эти работы Ефремов продолжил и в следующем году и, помимо раскопок, провел обстоятельное геологическое изучение местонахождений. С тех пор и до настоящего времени триасовые местонахождения по Ветлуге и Югу, а также на г. Богдо приносят массу новых материалов. Они стали классическим объектом палеонтологических исследований.
Иван Антонович как охотник за ископаемыми был исключительно удачлив. Причина, как он сам объяснял, была проста: он отправлялся в экспедицию с верой в успех. В этом он явно сходился с Гераклитом, по мнению которого тот, кто не ожидает найти нечто неожиданное, не найдет его, потому что это будет для него непосильным.
В 1928 г. умер академик П. П. Сушкин и на плечи Ивана Антоновича легла забота о продолжении дела любимого учителя. Работа и учеба у Сушкипа принесли плоды, и вслед за первой статьей Ефремов публикует ряд чисто палеонтологических описательных статей по древним наземным позвоночным, преимущественно лабиринтодонтам. Первого открытого на р. Шарженге и описанного в 1929 г. лабиринтодонта-бентозуха он называет в честь своего учителя: Bentosuchus sushkini.
Интуиция, или научное предвидение, впервые обнаружилось у И. А. Ефремова в 1929 г. после знакомства с основами геологии и общей историей лика Земли. В отличие от принятых тогда взглядов он высказал предположение, что океанические впадины не являются ровными и покрытыми равномерным слоем осадков, а имеют, подобно континентам, сложный рельеф и свою геологическую историю. Положительные формы рельефа на дне впадин лишены, как он полагал, мощных толщ осадков и доступны изучению. В надежде па публикацию он послал рукопись в журнал «Geologische Rundschau». Из Германии пришел ответ от самого Отто Пратье — крупнейшего геолога-тектониста немецкой школы. Он писал, что взгляды Ефремова — обычные домыслы и невежество дилетанта, а дно океанов ровное и покрыто сплошным, толстым слоем осадков. Ни копии статьи, посланной в журнал, ни ответа Пратье не сохранилось, но Иван Антонович при случае любил вспоминать эту историю. Время подтвердило его правоту. Теперь составлены подробные карты дна океанов и можно только изумляться необычайной сложности и величественности форм подводного рельефа. Системы гигантских горных хребтов с обнажениями коренных пород, приподнятых на километры над дном океанов, протягиваются через Атлантику, огибают Южную Африку, гигантским клином рассекают Индийский океан, продолжаются далее между Антарктидой и Австралией и, наконец, поворачивают на север через Тихий океан. К тому же эта картина океанического дна осложнена сбросами, впадинами, разломами и зонами вулканизма. Надо думать, ответ Пратье не обескуражил начинающего ученого. Соображения о сложности подводного рельефа остались. Позднее, когда морская геология окончательно оформилась, а И. А. Ефремов заканчивал свою «Тафономию», ему уже виделись контуры другой, морской тафономии во всей ее специфике и многообразии процессов. «Применение тафономии к анализу геологической летописи морских отложений, — писал он в «Предисловии» к книге, — составит следующую ступень развития этой новой отрасли палеонтологии и исторической геологии» [58, с.4].