По словам самого Кастанеды, его нынешнее имя не является настоящим. Он рассказывает, что родился на Рождество 1935 года в Сан-Паулу, Бразилия, в «хорошо известной» семье (впрочем, не называя ее). В то время его отцу, который впоследствии стал профессором литературы, было семнадцать лет, а матери — пятнадцать. По понятной причине молодости родителей, маленького Карлоса отправили на воспитание к деду и бабушке по материнской линии, которые содержали ферму по выращиванию кур.
Когда Карлосу исполнилось шесть лет, его родители, снедаемые чувством вины, забрали своего единственного ребенка обратно, погрузив его в трясину навязчивой ласки и внимания. «То был ужасный год, — кратко комментирует Кастанеда. — Я жил в обществе двух детей». Однако в следующем году мать умерла. Врачи назвали причиной ее смерти воспаление легких, но сам Кастанеда говорит, что виной всему была полная инертность и малоподвижность — по его мнению, сугубо культурное заболевание, распространенное на Западе. Его воспоминания по этому поводу очень трогательны: «Она была очень забитой, красивой и неудовлетворенной. Она была лишь украшением. Я был в отчаянии: мне хотелось как-то изменить ее, но разве она послушала бы меня? Ведь мне было всего лишь шесть лет».
И Карлос остался с отцом, чей весьма туманный образ он упоминает в своих книгах со смесью признательности, жалости и презрения. Слабоволию отца он противопоставил «безупречность» приемного отца — дона Хуана. Попытки своего родного отца стать писателем Кастанеда считает фарсом, который разыгрывал слабый и нерешительный человек. Но тут же добавляет: «Я и есть мой отец. До встречи с доном Хуаном я годами лишь точил карандаши и каждый раз садился за письменный стол с чувством приближающейся головной боли. Дон Хуан объяснил мне, насколько это глупо. Если хочешь сделать что-то — сделай это безупречно, и это самое важное».
В Буэнос-Айресе Карлоса отдали в «весьма престижную» начальную школу «Николас Авельянеда». По его словам, он учился там до пятнадцатилетнего возраста, овладевая испанским (к тому времени он уже знал португальский и итальянский), на котором он потом разговаривал с доном Хуаном. Однако впоследствии он стал настолько неуправляемым, что его дядя, патриарх семьи, пристроил его к приемным родителям в Лос-Анджелес. В 1951 году Кастанеда переехал в США и поступил в среднюю школу в Голливуде. Окончив ее через два года, Кастанеда начал посещать курсы пластического изобразительного искусства при Академии Изящных Искусств в Милане, но «у меня не оказалось достаточной чувствительности или открытости для того, чтобы стать великим художником».