Многие пестициды неспецифичны — они убивают всех подряд насекомых. Отрицательный эффект от применения пестицидов связан с тем, что они уничтожают не только вредных насекомых, но и их естественных врагов (сверхпаразитов). Поэтому разрушаются механизмы, при помощи которых численность вредителей в биогеоценозах поддерживалась на определенном, обычно низком, уровне. А если у насекомых, кроме того, вырабатывается устойчивость к пестициду, то после его использования наступает неожиданная вспышка — массовое размножение вредителя, так как механизмы, сдерживающие его развитие, подавляются. Примером могут служить тетраниховые клещи. До применения пестицидов они встречались редко, а в настоящее время на борьбу с ними расходуют около половины производимых пестицидов (Рубцов).
Загрязнение сельскохозяйственных экосистем радионуклидами при авариях атомных электростанций — еще один пример нежелательного побочного эффекта развития ядерной физики и внедрения научных достижений в производство (в энергетику). Долгоживущие радионуклиды, как и стойкие пестициды, распространились по всей биосфере. Поэтому заложниками радиоактивных загрязнений стали не только растительные и животные организмы, но и человек.
Отрицательные последствия дает и загрязнение сельскохозяйственных экосистем металлическим мусором. Высокоразвитые промышленные страны производят множество различных металлических изделий. Часть из них предназначается для сельского хозяйства. Десятки тракторов, плугов, борон, сеялок, культиваторов, комбайнов, жаток, подборщиков, молотилок, автопоилок, доильных агрегатов, различных устройств и приспособлений, сотни метров труб, проволоки, огромное количество гвоздей, скоб, крепителей — неполный перечень того, что поступает во многие сельскохозяйственные экосистемы (Новошинов). Эксплуатация приборов, механизмов, машин, различных устройств ограничена временем вследствие их износа, устаревания и порчи. Металлолом частично возвращается в плавильные печи и перерабатывается, а другая его часть теряется, загрязняя среду.
В хозяйствах, где поля, луга, пастбища, склады фуража и корма, животноводческие помещения и прифермские территории загрязнены кусками проволоки, гвоздями и другими остроконечными предметами, у крупного рогатого скота развивается тяжелая болезнь травматический ретикулит, суть которой состоит в травматическом повреждении сетки. Очень быстрое, неразборчивое поедание корма, недостаточное его пережевывание способствуют попаданию инородных тел в ротовую полость животных. Инородные предметы проглатываются и попадают в преджелудки. В момент сокращения сетки они могут повреждать ткани, перфорировать стенку органа. В. Я. Никитин показал, что негативные антропогенные изменения в природе — основная причина бесплодия сельскохозяйственных животных.