Вспомогательные корабли были модернизированы более обширно. Хотя минзаги сохранили свои первоначальные артбатареи, на быстроходных тральщиках планировалась установка 76,2-мм/50-клб пушек вместо их 102-миллимитровок уже в 1942 году. В то время стандартным вооружением быстроходных транспортов были четыре четырёхдюймовки, как на APD-1 "Менли". У всех плавбаз гидроавиации их 4-дм пушки должны были замениться парой 76,2-мм/50- клб зениток. Вероятно, четырёхдюймовки на быстроходных транспортах были сохранены для возможности вести кораблями поддерживающий десантников огонь.
К 1943 году быстроходные транспорты также имели но четыре 3-дм универсальных пушки вместо их прежней батареи. С 1944 года для них был окончательно определён следующий состав вооружения: три 7б,2-мм/50-клб зенитки, два одноствольных армейских Бофорса на месте кормового орудия, пять Эрликонов, Herald бомбомёта и один бомбосбрасыватель. К тому времени и на быстроходных тральщиках были установлены по две - три 76,2-мм/50-клб зенитки и спаренный Бофорс. Часто к поступавшим с заводов обычным "универсалкам" добавлялись, увеличивая их общее количество, орудия, снятые с подводных лодок, перевооружаемых более мощной артиллерией. Минные заградители были также перевооружены на обычные трёхдюймовки. В 1944 году их окончательно утверждённая батарея была идентично"! таковой на тральщиках DMS.
Многие из вспомогательных кораблей использовались в военное время в качестве эскортных. В частности, строящиеся плавбазы гидроавиации типа "Барнегет" скоро начали заменять своих "пожилых" предшественников, девять из которых в конце 1943 года вернули себе статус эсминца. Однако они не были перевооружены и переоснащены для несения службы эскадренного миноносца (как того требовал бы данный класс кораблей) и отличались от однотипных кораблей наличием только двух котлов и двух трёхдюймовок.
Так как быстроходные транспорты доказали свою чрезвычайную полезность в беспорядочной борьбе в южной части Тихого океана, срочно требовалось форсирование работ по дополнительному переоборудованию старых эсминцев. В общей сложности в военное время было переоборудовано ещё 26 кораблей: в октябре 1942 года APD-1... APD-12, (AG-28, бывший DD-74, DD-85, DD-82, DD-79, DD-90, DD-83, DD-114, DD-115, DD-116, DD-232, DD-233, DD-236), в декабре APD-13 (DD-243), в январе 1943 года A PD-14 ... APD-18 (DD-103, DD-137, DD139, DD164, DD-239), в июле APD-19 (DD-125), в августе APD-21, APD-23, APD-24 (DD-157, DD-239, DD-343), в октябре APD-20 (DD-344), в декабре APD-22 (DD-1G0), в январе 1944 года APD-29 (DD-248) и в мае APD-25 (DD- 113). Шесть бывших плавбаз гидроавиации в марте, апреле и июне 1944 года стали APD-31... APD-36 (AVD-4 - DD18G, AVD-5 - DD-188, AVD-3 - DD-196, AVD-8 - DD251, AVD-9 - DD-255, AVD-13 - DD-266). Переоборудование AVD-1 и AVD-7, а также DD-210, DD-221, DD-246n DD-341 было отменено в мае 1944 года. Кроме того, были отменены соответствующие работы на назначенных к переоборудованию DD-237, DD-244 и DD-342, как APD-2G... APD-28. Вероятно, ни один корабль никогда не был выбран для переоборудования в APD-30. К июню 1944 года переоборудованные эскортные миноносцы начали входить в строй. В конце боевых действий некоторые из быстроходных транспортов, включая первый APD-1 "Менли", вернулись в категорию эсминцев, прежде чем были переданы на слом.