Но в руководимых Павловым научных учреждениях процесс воспитания и формирования новых научных кадров не сводился исключительно к подражанию учителю. Поступившие в его лабораторию молодые сотрудники приступали к экспериментальной работе не сразу, а спустя довольно продолжительное время, после ознакомления с лабораторной обстановкой, проводимыми исследованиями, методическими приемами и т. п. Часто работа новичка начиналась с повторения ранних или дублирования проводимых экспериментов других сотрудников. На последующем этапе начиналась разработка такой темы, которая органически продолжала какую-то выполненную другим сотрудником тему. Этот прием введения молодого специалиста в курс дела позволял Павлову повторно проверить заслуживающие внимания факты и выявить индивидуальные особенности и наклонности новых сотрудников. Павлов часто присутствовал на опытах новичков, регулярно просматривал протоколы их экспериментов, обсуждал с ними полученные факты и т. п. Умело и ненавязчиво он направлял процесс научного роста и формирования своих учеников сообразно с индивидуальными качествами каждого из них. Поощряя добросовестность, трудолюбие, целеустремленность, наблюдательность, свежий подход к явлениям, фактам, инициативу, энтузиазм своих учеников, Павлов регулярно давал им прямые указания, притом каждому в отдельности, сообщал им свое мнение о характере, направлении и сущности их научной работы, о полученных ими фактических данных и вытекающих из этих фактов соображениях относительно предстоящих близких и отдаленных задач и т. п.
Были у Павлова и некоторые специфические приемы активного регулирования научного воспитания будущих ученых. Например, громадное значение имела его способность определять свое отношение к сотрудникам по их деловым качествам, по результатам их экспериментальной и теоретической деятельности. Он не был щедр на похвалы и гораздо охотнее «подхлестывал» своих учеников; тем не менее они без большого труда улавливали довольно тонкие нюансы его положительного и отрицательного отношения к каждому из них и делали должные выводы.
Всемерное поощрение Павловым самостоятельности своих учеников в научной работе выражалось, в частности, в том, что он всячески содействовал тому, чтобы каждый, достигнув определенной зрелости, становился самостоятельным научным руководителем в другом учреждении. В первую очередь это относилось к тем молодым ученым, кто начинал развивать новые ветви на могучем научном дереве учителя и чувствовал необходимость в большем просторе. Так при содействии Павлова в свое время получили возможность самостоятельной работы по физиологии Б. П. Бабкин, В. Н. Болдырев, А. Ф. Самойлов, Л. А. Орбели, В. В. Савич, А. Д. Сперанский, К. М. Быков, И. П. Разенков, Д. С. Фурсиков, Ю. В. Фольборт, Н. А. Рожанский, Г. П. Зеленый, П. С. Купалов, М. К. Петрова, А. Г. Иванов-Смоленский, Ю. П. Фролов, П. К. Анохин, автор этих строк и другие его ученики.