Но Иван Петрович относился весьма отрицательно к грубой антирелигиозной пропаганде и политике. Не один раз в моем присутствии он возмущался некоторыми мероприятиями тех или иных организаций в этом направлении. Свою позицию в этом вопросе он однажды аргументировал примерно так: «На свете еще очень много темных, необразованных людей, которые весьма плохо разбираются в явлениях природы и общественной жизни, которые лишены такой мощной моральной опоры, как просвещение, образование. Моральная опора для их жизни — религия, вера в бога. Из-за нужды, дурного воспитания или по иным причинам многие становятся на путь мелких и больших преступлений, обманывают, обворовывают и т. п. Религия способна облегчить их страдания за эти дурные поступки. Я могу сказать по себе. Бывало, своруешь в детстве лишний кусок сахара у матери, и совесть замучает. А идешь в церковь к священнику исповедоваться — и легче делается на душе. Вот каково значение этой моральной опоры для темного человека. Хочешь отнять у него эту опору, так будь добр, замени ее другой — просвещением, вернее, просвещай его, и религия, как опора, исчезнет сама собой. Необходимости в религии не будет лишь в будущем, когда все члены общества станут просвещенными людьми. Да еще вопрос: все ли члены такого общества обойдутся без религии? Может быть, ограниченное число лиц со слабой нервной системой даже и тогда будет нуждаться в религии».
Для характеристики отношения Павлова к религии весьма важное значение имеет следующий эпизод. За несколько месяцев до своей смерти Иван Петрович в узком кругу сотрудников рассказал о том, что получил письменную просьбу от английской прогрессивной ассоциации (то ли естествоиспытателей, то ли журналистов) дать свое согласие на звание почетного члена организованного ими общества «рационалистов», которое, в числе других целей, ставит перед собой задачу вести борьбу против религии. Иван Петрович, по его словам, поблагодарил за оказанную ему честь и дал свое согласие стать почетным членом организованного ими общества, но при условии, что борьба с религией будет вестись обществом не насильственным путем, а путем распространения просвещения (содержание его ответа я привожу по памяти).
Как же согласовать эти высказывания Павлова со слухами о его хождении в церковь в первые годы после революции, об оказании им материальной помощи церковным организациям и с другими слухами, якобы свидетельствующими о религиозности ученого? Если даже допустить, что в одно время подобные факты действительно имели место, то, по моему глубокому убеждению, их причину следует искать не в религиозности Павлова. Более чем вероятно, что посредством таких своих действий ученый выражал своеобразный протест против перегибов в антирелигиозных мероприятиях отдельных наших организаций. Определенное значение при этом могли иметь также семейные привычки и традиции, силу которых Павлов подчеркивал довольно часто, равно как и его желание не задевать религиозных чувств своей супруги.