Дружба с Альбусом Дамблдором
Школа с радостью встретила Минерву МакГонагалл обратно. Минерва с головой окунулась в работу, показав себя строгим, но вдохновляющим учителем. Она хранила письма от Дугала МакГрегора в запертой шкатулке под кроватью, но это было лучше (твердо говорила она себе), чем хранить там волшебную палочку. Тем не менее, для нее стала настоящим шоком новость от рассеянной Изобель (из длинного письма из дома), что Дугал женился на дочери другого фермера.
Альбус Дамблдор нашел Минерву в слезах в ее классе тем же вечером, и она рассказала ему всю историю. Альбус Дамблдор, олицетворяя собой спокойствие и мудрость, рассказал Минерве кое-что из истории его семьи, то, что раньше ей было неизвестно. Этот откровенный разговор между двумя сдержанными и скрытными людьми стал основой будущего взаимного уважения и дружбы.
Минерва МакГонагалл была одной из немногих, кто знал или хотя бы подозревал, каким страшным стал для Альбуса Дамблдора тот день, когда в 1945 году он решил выступить против Темного волшебника Геллерта Грин-де-Вальда.
Первое появление Волан-де-Морта
Минерва МакГонагалл не занималась обучением юного Тома Реддла, но знала обо всех тревогах и опасениях Альбуса Дамблдора, с ним связанных. Она не состояла в Ордене Феникса в то время, когда Волан-де-Морт в первый раз пришел к власти (в то время, по мнению Министерства, Орден был революционной группировкой; сменявшие друг друга министры видели угрозу в харизме и магическом таланте Дамблдора, поэтому втайне опасались, что он метит на их место). Тем не менее, анимагические способности Минервы оказались очень полезны в самые мрачные дни волшебной истории, и втайне от своих студентов она провела много ночей, шпионя для Министерства в облике полосатой кошки, добывая для мракоборцев ценнейшие сведения о последователях Волан-де-Морта.
Как и многие в волшебном сообществе, она понесла тяжелые личные утраты в дни господства Волан-де-Морта. Самым ужасным оказалась потеря ее брата, Роберта; ее учеников, Лили Эванс и Джеймса Поттера; и Дугала МакГрегора, который был убит Пожирателями смерти вместе с женой и детьми во время одного из нападений на маглов. Эта последняя новость стала страшным ударом для Минервы, которая спрашивала себя: сумела бы она защитить Дугала, если бы вышла за него замуж?
Замужество
В ранние годы своей работы в Хогвартсе Минерва МакГонагалл поддерживала дружеские связи со своим бывшим начальником в Министерстве, Эльфинстоном Уркуартом. Он приехал навестить ее во время отпуска в Шотландии, и, к ее великому изумлению и смущению, предложил руку и сердце в кафе мадам Паддифут. Минерва, по-прежнему любившая Дугала МакГрегора, ответила отказом.