Ориген не столь охотно, как Климент Александрийский, признает свой долг перед античной философией, однако он ее знает и прибегает к ней. И, главное, он старается построить цельную доктрину, отправляясь от всех элементов, объединенных Климентом в явно бессистемной форме; правда, надо иметь в виду, что доктрина Оригена отличается "эзотеризмом". На такой основе Ориген, используя, в первую очередь, платонические учения, восхваляет христианские догмы. С гораздо большей последовательностью, чем Климент, он пытается установить рациональный характер христианской веры, полемизируя, в частности, с Aléthēs logos (Истинным словом) Цельса. Четыре книги трактата Оригена О началах и восемь книг его трактата Против Цельса трояким образом способствуют пополнению наших знаний о греческой философии. Здесь приведены названия и помещены фрагменты сочинений, не известных нам из других источников: это написанные в платонической традиции сочинения Нумения и Цельса и принадлежащие к стоической традиции сочинения Хрисиппа, Херемона, Герофила, Мусония и нескольких анонимов. Ориген проясняет сложные вопросы стоицизма, с которым он был знаком, и предоставляет точные сведения относительно современного ему среднего платонизма. И, наконец, из произведений Оригена мы узнаем некоторые приемы сочинения школьных философских трудов - как писали, например, вступление к работе или какова была композиция трактата по физике.
Трактат О началах строится следующим образом. В первой книге, посвященной учению о Боге, говорится о единстве Бога, об иерархии трех Лиц и об их отношениях. Вторая книга, посвященная космологии, трактует о сотворении мира, причем этот акт мыслится как следствие падения ангелов; о человеке, определяемом как дух, ниспавший в тело; о грехопадении Адама и об искуплении. Главные темы третьей книги, трактующей вопросы антропологии, - соединение души и тела и свобода воли. В четвертой книге, посвященной телеологии, подводится итог всему предыдущему и рассматривается вопрос о смысле Св. Писания. В своем трактате Ориген, полемизируя с пантеистическими концепциями стоиков и гностиков, отстаивает идею неизменного Бога. При этом он не основывает свою теологию на учении о Логосе как источнике всякого знания - подобно Юстину, - хотя у него и отмечается решающее влияние платонизма. Начало всего - Бог, который есть Отец, всецело непостижимый, но человеческий дух, наделенный разумом, располагает средствами достигнуть частичного познания Бога и Образцов (или Парадигм), каковые суть его мысли; этот пункт своего учения Ориген заимствует у среднего платонизма, на который оказал влияние аристотелизм.