С бегством Ивана из Москвы царство осталось без царя. Принимая посольство с мольбами вернуться на царство, Иван сказал о боярах: «Извели нашу кроткую и благочестивую супругу Анастасию Романовну, и, если бы бог нас не охранил, открывая их замыслы, то извели бы и нас, с нашими детьми. Того ради, избегая зла, мы поневоле должны были удалиться из Москвы...».
Как свидетельствуют летописи, в период бегства из Москвы во внешности царя Ивана внезапно произошли резкие перемены. Прежде статный и красивый он вдруг постарел, осунулся, на голове и бороде его внезапно выпали почти все волосы. Как пишут летописи, царь стал «нелеп», то есть некрасив.
Царь Иван согласился вернуться в Москву при условии предоставления ему по сути дела неограниченной полицейской диктатуры, права расправляться с кем захочет и как захочет и чтоб никто ему в этом не перечил. Даже духовенство лишено было права просить царской милости к осужденным.
Кремль — древняя резиденция московских великих князей — уже не казался Ивану безопасным. Он стал жить то в укрепленной Александровской слободе, окруженной заставами и дозорами, то в специально выстроенном для него дворце на Неглинной за глубокими рвами и высокими стенами.
Но главное — с целью обеспечения своей безопасности царь создал опричнину — особую касту людей, пользующуюся неограниченным правом убивать царских врагов и грабить их имущество, ни от кого, кроме самого Ивана, независимых, ни с кем, кроме него, не связанных, молодых, отчаянных, часто с темным прошлым, готовых на все, отрекшихся от друзей и родных. Опричнина — отряд в тысячу человек, впоследствии увеличенный до шести тысяч — стал специальным корпусом дозорщиков внутренней крамолы. Его цель была не просто охрана существующей власти, а постоянное выискивание царских врагов, вынюхивание возможных заговоров и всякого недовольства. Между тем, авторитетные историки свидетельствуют, что в создании подобного рода корпуса в то время не было никакой необходимости. Политическая сила боярства была подорвана предшествующим периодом царствования Ивана. Местничество лишало боярство способности к дружному действию. Знатнейшие бояре своим правлением в период малолетства Ивана приобрели только ненависть народа. Боярская крамола в этот период не шла далее помыслов с целью сохранения собственной жизни бежать в Литву. Ни о каких заговорах, ни о каких-либо готовившихся покушениях со стороны бояр не писали современники.
Разгул опричнины был страшен — ежедневно в Москве убивалось по 10—20 человек. Трупы валялись на улицах и никто не смел их убирать. Опричнина довела крестьян до такого разора, как будто по селам прошла неприятельская армия. Вся остальная часть государства, именуемая земщиной, хотя формально была независима от опричнины, но фактически была полностью бесправной и целиком ей подвластной. У земщины в пользу опричнины отнимались не только земля, но и дома и домашнее имущество. Тысячи людей посреди зимы выгоняли из дома и толпами отправляли пешком на житие в далекие пустые земли.