Так как пункт о кондукторе Савельеве был последним, следовательно, комиссия ненавязчиво, но все же давала понять, что она склоняется именно к версии об умышленном подрыве «Пластуна».
Закончив работу, комиссия вице-адмирала Панфилова передала все материалы в морской генерал-аудиториат (прообраз нынешней военной прокуратуры). Там, внимательно изучив бумаги, поставили вопрос не мог ли взрыв быть вызван какими-либо конструктивными недостатками самой крюйт-камеры? Изучение этого вопроса было поручено известному мореплавателю контр-адмиралу Унковскому. Им были изучены крюйт-камеры однотипных с «Пластуном» клиперов и допрошен строитель «Пластуна» штабс-капитан Василевский. Однако никаких серьезных недостатков в конструкции клиперной крюйт-камеры выявлено не было. Зато обнаружилось, что истинное положение дел на «Пластуне» весьма отличалось от показушного. Вопреки требованиям Морского устава осматривать командиром и старшим офицером крюйт-камеры один раз в четыре месяца и каждый раз после сильной качки, на «Пластуне» они осматривались раз в год, никто не инструктировал и не проверял матросов, привлекаемых для работы в крюйт-камере, отсутствовали периодические проверки безопасности фонарей, вспомнили и про злосчастные пампуши. Кроме того, вскрылся факт, что в крюйт-камере «Пластуна» вообще хранилось черт знает что: не только ракеты с гранатами, но и закупленные бобы для камбуза. Во время одного из штормов они так завалили входную дверь, что ее потом долго не могли открыть. Удивило аудиторов и полное незнание спасшихся офицеров относительно состояния корабельной артиллерии, в то время как вахтенные начальники должны были владеть этим вопросом.
Генерал-аудиториат в целом полностью согласился с выводами комиссии, признав, что и он склоняется к версии об умышленном взрыве клипера кондуктором Савельевым, хотя при отсутствии должного контроля за содержанием крюйт-камеры корабля со стороны командования там могло произойти что угодно. Из-за отсутствия конкретных фактов в отношении содержателя крюйт-камеры было определено: «При отсутствии всякого подозрения Савельева в умышленном взрыве и при отсутствии какого-либо указания на подобное намерение со стороны его, морской генерал-аудиториат, имея в виду, что не только участь подсудимого, но и память умершего человека должны быть дороги для судящих, положил: устранить всякое подозрение на погибшего кондуктора Савельева в учинении умышленного взрыва». В конце концов генерал-аудиториат пришел к выводу, что «обнаруженные из следственного дела упущения и противозаконные действия должны быть отнесены единственно к вине командовавшего клипером и старшего офицеров, лейтенантов: барона Дистерло и Розенберга, за что и следовало бы, по важности оных, предать их военному суду, но, за смертию обоих, заключение делаться не будет».