Он родился в Кронштадте в 1800 году. Отец Пахтусова весь свой век прослужил во флоте и, выйдя в преклонных годах в отставку, получил самый что ни на есть низший чин шкипера 13-го класса. Старик с семьей переехал в Сольвычегодск, где жить было дешевле. Там Пахтусовы, перебиваясь на маленькой пенсии, едва сводили концы с концами.
Когда Петру еще не было 8 лет, он лишился отца, семья практически осталась без средств к существованию.
Пахтусовы переехали в Архангельск, где мальчик стал обучаться грамоте. Как описывают биографы Петра Пахтусова, он «собирал щепу на верфях Соломбальского Адмиралтейства, которая шла для домашнего обихода, а частью писарям, у которых на нее выменивались учебные принадлежности».
По просьбе матери Петр был принят в сиротскую школу, переименованную впоследствии в школу кантонистов, то есть солдатских детей, которые с момента своего рождения как бы числились за военным ведомством. В пятнадцать лет он стал хозяином старой, залатанной лодки, на которой совершал свои первые плавания по Белому морю, забираясь миль за тридцать от берега.
Способности подростка, как и его тяга к морю, были замечены. И вскоре, в 1816 году, на одном из военных судов, уходивших из Архангельска в Кронштадт, его отправили учиться, на сей раз в штурманское училище. Его юный Пахтусов окончил спустя четыре года, получив чин унтер-офицера.
Незадолго до окончания курса, будучи на летней практике, попал Петруша в кораблекрушение. Транспорт «Кармин», на котором он следовал из Испании, наскочил на риф у мыса Скаген. Погибли капитан и многие офицеры. Тогда, спасая пассажиров, проявил 18-летний штурманский ученик решительность и должную смекалку.
Год 1820-й. Штурманский помощник унтер-офицерского класса Петр Пахтусов, сдав выпускные экзамены, возвращается попутным транспортом в Архангельск. Впереди у него новое поприще — гидрографическое. И дни, месяцы, годы тяжелого, кропотливого труда. Вот далеко не полный перечень проделанных им работ: топографическая съемка дельты Печоры и берега Ледовитого океана от мыса Канин Нос до острова Вайгач, острова Колгуев и беломорского побережья. Первые системные замеры глубин в Белом море тоже на его счету.
За этим событием последовал обратный путь — из Кронштадта в Архангельск, и на этот раз морем — на военном корабле. В Архангельске новоиспеченный штурман поступил в экспедицию под командованием штурмана 12-го класса Иванова, которая занималась исследованиями восточного побережья Баренцева моря и устья реки Печоры. После этого офицер Пахтусов перешел в другую экспедицию — штурмана Бережных. Его люди исследовали уже западную часть того же побережья.