Во время Второй мировой войны дальневосточные порты играли важную роль с снабжении. Начиная с 1943 г. отправка грузов в СССР была в большинстве случаев переориентирована через Тихий океан. Объем перевозок по этому маршруту составил почти половину от всех поставок союзников. Сюда же нужно добавить удаленность Дальнего Востока от европейской части СССР и возникающие в связи с этим трудности в управлении и снабжении. Сухопутная группировка СССР в этом районе была достаточно мощная (и сохранялась таковой на всем протяжении войны с Германией), что не давала Японии преимуществ. В том числе сказалось поражение Японии на Халхин-Голе. Но превосходство на море и возможность удара морскими десантами создавала потенциальные трудности для СССР. Поэтому война на два фронта с Германией и Японией для СССР несла серьезные сложности.
Германо-советский пакт внес определенный раскол в союз Германии и Японии. А 13 апреля 1941 г. Япония сама заключила с СССР пакт о ненападении.
С нападением Германии на СССР Гитлер потребовал от Японии участвовать в давно планируемой совместной войне против главного врага. 30 июня (почему именно 30 июня, а не раньше – 22—23 июня) он отправил в Японию телеграмму с требованием выполнить свои союзнические обязательства. 2 июля 1941 г. на императорском совете было принято решение, что Япония вступит в войну (план «Кан-току-эн»), когда определится поражение СССР от Германии. Сроки нападения на СССР ставились на август. Но к этому времени СССР не потерпел поражения, Москва и Ленинград не были взяты, как планировалось, а количество советских войск на Дальнем Востоке уменьшилось не значительно. 6 сентября нападение на СССР в 1941 г. было отменено. В 1942—1943 гг. нападение также не состоялось. Япония соблюдала японо-советский пакт о ненападении, ожидая удобного случая для удара. В 1944 г. японский генеральный штаб впервые разработал план обороны от СССР.
Весь период войны СССР приходилось держать на границе с Японией крупные вооруженные силы. План войны Японии с СССР «Кан-току-эн» так и остался нереализованным. Япония переключилась на войну с западными державами.
Следует немного остановиться на самом «секретном протоколе» германо-советского пакта о ненападении. Дело в том, что нет в наличии подтвержденного подлинника секретного протокола. Утверждается, что германский вариант был уничтожен в результате бомбежек в 1944 г. В 1945 г. англичанами неожиданно была найдена немецкая «фотокопия» секретного протокола. В первые протокол был напечатан в США в 1948 г. в сборнике документов «Nazi-Soviet relations, 1939—1941» («Нацистко-советские отношения, 1939—1941 гг.»)