Но и находясь в весьма двусмысленном положении, Нелидова умела сохранять благородство во всех своих поступках. Она не только пыталась смягчить бурный нрав Павла, но всячески способствовала примирению его с супругой во время их частых ссор. Однажды, когда Павел за столом до такой степени вышел из себя, что приказал супруге уйти, Нелидова последовала за ней. «Останьтесь, сударыня!» — крикнул ей вдогонку Павел. «Государь, я знаю свои обязанности!» — спокойно ответила Нелидова и вышла вслед за императрицей. Мария Федоровна сумела наконец оценить благородство Нелидовой и после очередной попытки Катеньки уединиться в Смольном уговорила ее изменить решение. Она же писала по этому поводу одному из приближенных государя: «Ради Бога, дайте почувствовать «маленькой» (Нелидовой — С.М.), как вредно удаляться от императрицы, от наших детей, которых мы вовсе не видим, и вообще дайте ей понять, что это отчуждение великого князя от всех лиц, имеющих значение, это страшное уединение, отталкивая от него сердца, может иметь только самые ужасные последствия». Слова супруги Павла стали пророческими.
Одной из придворных партий, стремившихся оказать влияние на слабовольного императора, удалось оттеснить от него Нелидову, заинтересовав молоденькой княжной Анной Лопухиной. Оскорбленная Нелидова покинула двор, написав Павлу: «Открытое и честное сердце не так легко найти, как Вам, быть может, легко без него обойтись».
Придворные сразу почувствовали на себе последствия ее отъезда. Князь Ф.Голицын, отнюдь не симпатизировавший Нелидовой, писал: «Новый и уже настоящий предмет любви (княжна Лопухина — С.М.), возродив в нем новую страсть, приводил его еще более и чаще прежнего в волнение. Наконец, несносно стало служить, а особливо военным. За малые проступки следовали оскорбительные и почти честь трогающие наказания, беспрерывные аресты или посажение в крепость гвардии офицеров».
Супруга Павла Мария Федоровна, безуспешно пытавшаяся вернуть Нелидову, до конца жизни сохраняла с ней дружеские отношения и вела трогательную переписку. И главным предметом их переписки был, конечно, Павел. Нелидова знала, что Павел читает ее письма к императрице, и потому многое было написано именно для него, как бы в назидание.
«Было бы для него более по-христиански прощать ошибки тем, кто приблизится к нему, и тем, кого он удаляет от себя, хотя, поистине, я никогда не пожелала бы приблизиться к его особе, — писала Екатерина Ивановна. — Я чувствую себя более счастливою вдали от его присутствия и одинаково спокойной вдали или вблизи…». В ее словах не было притворства. Когда подвергся опале и был отправлен в ссылку муж одной из ее любимых институтских подруг, Нелидова поехала вслед за ними. Только за год до гибели Павла Екатерина Ивановна вернулась в Смольный, но с Павлом более не встречалась. Известие об убийстве императора глубоко потрясло Нелидову. Волосы ее поседели, лицо покрылось преждевременными морщинами. Она всячески старалась поддержать овдовевшую Марию Федоровну, которая без нее теперь уже не могла обходиться. Нелидова на 11 лет пережила супругу Павла. Дети Павла Александр и Николай относились к Нелидовой с подчеркнутым уважением. Однако она так и не вернулась ко двору. Бывшая фаворитка скончалась в возрасте 82 лет. В журнале «Северная пчела» был помещен некролог. «Кто знал ее лично и долго со вниманием следил за ее характером, — говорилось в нем, — тот не мог не благоговеть перед этим дивным явлением в мире духовном». А для нас она навсегда останется такой, какой изобразил ее художник Левицкий, — маленькой волшебницей, грациозной и веселой, милой и лукавой «служанкой-госпожой».