Дважды Батюшку вызывали на собеседование в ОГПУ (в конце 1922-го и 17/30 марта 1923 года). Запрещали принимать народ. Во второй раз беседа была недолгой, так как увидели, что он тяжело болен, страдает очень сильной одышкой.
В последних числах мая по новому стилю о. Алексий поехал, как и в прошлые годы, отдыхать в Верею — отдаленный городок Московской области, где у него был маленький домик. Перед отъездом служил в маросейском храме свою последнюю литургию, прощался с духовными детьми, уходя, простился с храмом.
Скончался о. Алексий в пятницу 9/22 июня 1923 года. Последний вечер он был радостен, ласков со всеми, вспоминал отсутствующих, особенно внука Алешу. Смерть наступила сразу же, как только он лег в постель, и была мгновенной.
Гроб с телом о. Алексия был доставлен в храм свт. Николая в Кленниках на лошади в среду 14/ 27 июня в девятом часу утра. Сопровождали его из Вереи алтарники Георгий Ивакин-Тревогин и Борис Васильев. Церковные общины Москвы во главе со своими пастырями приходили одна за другой петь панихиды и прощаться с почившим. Это длилось до самого утра следующего дня. Чтобы дать возможность всем пришедшим помолиться, служили вечером две заупокойные всенощные — одну в церкви и другую во дворе. Литургию и отпевание совершал во главе сонма духовенства архиепископ Феодор (Поздеевский), настоятель Данилова монастыря. Незадолго до смерти о. Алексий написал преосвященному Феодору письмо, прося его об этом. Владыка Феодор находился тогда в тюрьме, 7/20 июня был освобожден и смог исполнить желание Батюшки.
Всю дорогу до кладбища пелись пасхальные песнопения. Проводить о. Алексия в последний путь прибыл на Лазаревское кладбище исповедник Христов Святейший Патриарх Тихон, только что освобожденный из заключения. Он был восторженно встречен множеством народа. Исполнились слова Батюшки: «Когда я умру — всем будет радость». Литию служил архимандрит Анемподист. Святейший благословил опускаемый в могилу гроб, первый бросил на него горсть земли.
О. Алексий говорил при жизни своим духовным чадам, чтобы они приходили к нему на могилку со всеми своими трудностями, бедами, нуждами. И многие шли к нему на Лазаревское кладбище.
Через десять лет в связи с закрытием Лазаревского кладбища останки о. Алексия и его жены были перенесены 15/28 сентября 1933 года на кладбище «Введенские горы», именуемое в народе Немецким. В перенесении участвовали члены Маросейской общины иконописец Мария Николаевна Соколова, псаломщик и регент левого хора церкви Петра и Павла в Лефортове Клавдия Никаноровна Невзгодина, староста уже закрытого в 1932 году храма свт. Николая в Кленниках врач-невро- патолог Сергей Алексеевич Никитин, только что вернувшийся по отбытии срока из лагеря, в будущем — епископ Стефан. Владыка Стефан рассказывал, что тело о. Алексия было в ту пору нетленным. Лишь на одной из ног нарушился голеностопный сустав и отделилась стопа.