Как уже говорилось ионотропные рецепторы открывают ионные каналы сразу после взаимодействия с медиатором, а метаботропные рецепторы на то и «медленные», что открывают ионные каналы не сразу: сначала взаимодействие медиатора с метаботропными рецепторами ведёт к цепи последовательных химических преобразований внутри нервной клетки. Действуют и образуются внутриклеточные нейропередатчики — вторичные посредники (медиатор — первичный посредник). Последний из них и открывает ионный канал.
Затем происходит терминация (окончание) синаптического цикла. При этом большой объём выделенного медиатора выходит за пределы синаптической щели, действует на пресинаптические рецепторы и прекращает дальнейшее выделение медиатора до прихода следующего импульса.
Терминация может быть обратимой, когда медиатор не разрушается, и необратимой, когда требуется его разрушать (и заново синтезировать для следующей синаптической передачи).
Процесс терминации выполняет и вторую задачу — очистку синаптической щели от медиатора и устранение, таким образом, постсинаптического потенциала. Медиатор может быть разрушен в синаптической щели (при необратимой терминации) или поглощён путём обратного захвата пресинаптическим окончанием с помощью специальных белков-насосов. Тогда медиатор будет разрушен в пресинаптическом окончании (при необратимой терминации), либо используется повторно (при обратимой терминации), что более экономно. Но нейротрансмиттер может всасываться и в окружающие синапс глиальные клетки и разрушаться в них (при необратимой терминации).
У одного и того же медиатора могут быть химически разные рецепторы, и взаимодействие с ними вызывает разные эффекты. Электрофизиологически они могут быть противоположны: в одном случае эффектом будет деполяризация, т. е. ВПСП, возбуждение, в другом гиперполяризация, т. е. ТПСП, торможение. Следовательно, важен не только сам медиатор, но и место его воздействия — рецептор.
Тип рецептора определяется по веществу, связывающемуся с этим рецептором, и по эффекту, вызываемому связавшимся веществом. Если вещество вызывает эффект, аналогичный медиатору, т. е. сходный с физиологическим, то оно называется агонистом. Если этот агонистический эффект проявился при непосредственном химическом связывании с рецептором медиатора, то это вещество называется миметиком. У одного рецептора может быть несколько миметиков, и они могут вызывать различающиеся эффекты. Различия связаны с местом приложения вещества, вызывающего эффект, с местом нахождения рецептора.
Если вещество вызывает эффект, противоположный медиатору, если оно уменьшает или устраняет действие агониста, то оно называется