30 октября 1988 года воскресным осенним днем Матушка отошла… Чтобы не тревожить Старицу в последние минуты ее жизни, духовные дети, получив благословение блаженной и простившись с нею, пошли в Китаевскую пустынь, чтобы в этот величественный момент помолиться преподобным Досифею и Феофилу Китаевским.
Тихо, мерно, печально падал первый снег, подчеркивая торжественность и величие этого момента. “Я отойду, когда пойдет первый снег и наступит заморозок”, – говорила Старица. Это небесное знамение словно сообщало миру – уходит великая подвижница… Невольно вспоминаются слова святителя Игнатия Брянчанинова: “Можно узнать, что почивший под милостью Божиею, если при погребении тела его печаль окружающих растворена какою-то непостижимою отрадою”. “Душа, исполненная любви к Богу, и во время исхода своего из тела, не убоится князя воздушного, но с ангелами возлетит, как бы от чужой страны, на родину”. (Преподобный Серафим Саровский)
Первую панихиду по блаженно почившей монахине Алипии отслужил иеромонах Роман (Матюшин). Отпевание состоялось 1 ноября 1988 года в Вознесенском соборе Свято-Вознесенского Флоровского монастыря при огромном стечении народа.
Основанием для почитания останков православных подвижников является Боговоплощение. “Восприняв в Боговоплощении человеческую природу во всей полноте, Господь тем самым утвердил навеки достоинство человеческой телесности. Для христиан тело – не темница и не случайное одеяние души, а один из уровней человеческой личности, связь с которым личность таинственно сохраняет и после смерти. По учению Свщ. Писания, можно прославлять Бога не только духом, но и в телах (1Кор. 6:20). Само тело может стать храмом Святого Духа (1Кор. 6:19), и оно не перестает быть таковым и после смерти. Отсюда в Церкви особое уважение и благоговейное отношение к останкам святых угодников”[9].
После кончины блаженной Господь подает великие чудеса для укрепления Православия, совершаемые по молитвам матушки Алипии. Христиане всегда отмечали память еще не канонизированных Церковью подвижников особым богослужением – панихидой. Церковная память – это народная память. В этом смысле постоянная и повсеместная молитвенная память о упокоении со святыми подвижников часто являлась первым шагом к канонизации того или иного подвижника. При этом многочисленные свидетельства о них порою изобиловали большим числом повествований о чудесах. Примером этому служит святая блаженная Ксения Петербургская и блаженная Матрона Московская, причиной почитания которых послужили большое количество панихид, чудотворений и многочисленное паломничество к месту их погребения. Великое духовное вдохновение дает созерцание подвигов праведников.