Трагическая смерть родителей и последующие испытания произвели в душе Агафии окончательный перелом: она взяла свой крест и последовала за Христом, готовая претерпеть за Него все, даже мучительную смерть. Немногословная от природы, она стала совсем молчаливой и полностью ушла в молитву. Богобоязненная с детства, девушка начала постоянно посещать храм Божий (особенно любила молиться в пензенской церкви Жен-мироносиц). Странницей она посетила множество святых обителей, которые в начале 1920-х годов чудом сохранились от разорения. Жила тем, что Бог пошлет, ночевала под открытым небом; часто нанималась на поденную работу, чтобы иметь кусок хлеба и крышу над головой.
Жестокие испытания не ожесточили ее милосердного сердца, а сделали его еще более милосердным. Безграничное людское горе подвигло девушку постоянно молиться о страждущих и несчастных и помогать им чем только можно. Скитальческая жизнь научила ее быть благодарной Богу и людям за малейшее добро: за прожитый день, за спокойную ночь, за глоток воды, за крохи от чьей-то трапезы, за доброе слово и приветливый взгляд. Этот дар благодарной любви матушка пронесла через всю свою жизнь и умножила его многократно. Уже став известной прозорливой старицей, она умела отблагодарить человека даже за добрую мысль о себе.
Время суровых испытаний для Церкви способствовало расцвету духовной жизни. Во время странничества Агафия познакомилась с людьми высокой духовности: монашествующими и мирскими, и сама укрепилась духовно.
Массовые репрессии против верующих 1930-х годов не миновали и ее. Матушку арестовали и заключили в тюрьме. Она никогда не рассказывала, где именно и в каких условиях находилась. Место своего заключения иносказательно называла «Одесса» и говорила, что оно находилось в безлюдном месте, в горах, на берегу моря. Исповедница испытала все ужасы тюремного заключения: многочасовые изматывающие допросы, сопровождавшиеся пытками и оскорблениями, постоянное ожидание смерти, которое было страшнее любого, самого тяжелого мучения. Но и эти испытания, которые «сломали» многих людей, для нее стали очищающим горнилом. Страдая сама, матушка постоянно утешала соузников, молилась о них и заботилась, облегчая, насколько это было возможно, их муки. Она умудрялась и отправлять письма на волю, призывая людей верить в Бога и не отрекаться от Него.
Затем Агафию Тихоновну перевели в камеру смертников. Когда там осталось только трое узников: священник, его сын и она, батюшка совершил по ним панихиду. После нее священник сказал, что матушка останется в живых. Так и произошло: исповедница Христова чудесным образом вышла из темницы, благодаря заступничеству апостола Петра. Всю оставшуюся жизнь старица не переставала благодарить его за свое освобождение, считала его своим покровителем, и в храме ее место всегда было у иконы святых апостолов Петра и Павла.