1786. Начало строительства большого университетского корпуса на Моховой улице (ныне проспект Маркса, 18) по проекту архитектора М. Ф. Казакова.
1788. Начало издания первого естественнонаучного журнала «Магазин натуральной истории, физики и химии». Инициатором и редактором издания был профессор университета А. А. Прокопович-Антонский.
1790. Начало выхода в свет «Политического журнала». Издателем и редактором был профессор университета П. А. Сохацкий. В журнале публиковались сообщения о революционных событиях во Франции.
Актовый зал университета (ныне проспект Маркса, 18) — одно из ярких произведений русского классицизма. Архитектор М. Ф. Казаков. После пожара 1812 года здание восстановлено архитектором Д. Жилярди. Здесь вручали аттестаты и дипломы об окончании университета, проходили юбилейные торжества, юбилеи выдающихся представителей русской науки и культуры, собрания научных обществ.
Аттестат декабриста М. Бестужева-Рюмина, выданный после сдачи экзаменов в Московском университете. 1818 год.
1791. Московскому университету предоставлено право давать обучавшимся медицине докторскую степень.
По инициативе профессора университета Ф. Г. Политковского в главном здании университета создается Музей естественной истории.
1792. В типографии университета напечатан учебник «Географическо-историческое учение» преподавателя пансиона Н. Е. Черепанова. В этой книге изложены основы сравнительного землеведения.
1801. Адъюнкт университета И. А. Двигубский защищает докторскую диссертацию «Опыт московской фауны». Этот труд явился одним из первых систематических исследований фауны Московской губернии.
1803. Начало чтений публичных лекций для москвичей профессорами университета.
1804. Возникновение при университете Общества истории и древностей Российских, целью которого была публикация источников древней истории.
По новому Уставу в университете утверждены четыре факультета: нравственно-политических наук, физико-математических, медицинских и словесных.
Почетными членами университета избираются немецкие писатели И. В. Гёте и Ф. Шиллер.
1805. При университете основано Московское общество испытателей природы, целью которого было «изучение природных богатств и содействие успехам естественных наук в России». Общество с 1806 года издавало «Записки», а с 1829 года «Бюллетень», который продолжает выходить и в настоящее время.
Приобретен Аптекарский сад, учрежденный Петром I в 1706 году, для заведения Ботанического сада на 1-й Мещанской улице (ныне проспект Мира, 26).
На территории университета при Клиническом институте, куда входили терапевтическая, хирургическая, акушерская, глазных болезней клиники, открыта больница. В следующем году открыт Повивальный институт и Родильный госпиталь для бедных.