1845. Почетным членом Московского университета избран Н. В. Гоголь.
1844–1845. А. И. Герцен, около которого группировались представители прогрессивных университетских кругов, публикует «Письма об изучении природы», оказавшие большое влияние на формирование философских взглядов ученых.
1847. Профессор хирургии Ф. И. Иноземцев 1 февраля, впервые в России, применил при операции эфирный наркоз.
1848. Профессор университета А. М. Филомафитский издал «Трактат о переливании крови (как единственное средство во многих случаях спасти угасающую жизнь)». Профессор университета М. Ф. Спасский в своей докторской диссертации «О климате Москвы» впервые дал методику разработки климатического материала и заложил основы русской климатологии.
1840–1850. Научные путешествия по Уралу и Алтаю университетского профессора минералогии и геологии Г. Е. Шуровского. Описанные им исследования о геологическом строении этих областей заложили основы Московской геологической школы. Профессор зоологии в университете К. Ф. Рулье развивает идеи о единстве организма и условий существования, доказывая причинную зависимость эволюции живых форм от изменения среды их обитания.
1849. По инициативе профессора А. И. Полунина в университете впервые в России организуются кафедры патологической анатомии и патологической физиологии. 1851. Профессор хирургии В. А. Басов произвел первую операцию на трахее.
Профессор физики М. Ф. Спасский в Аудиторном корпусе университета демонстрирует опыт с маятником Фуко, наглядно показывающий обращение Земли около своей оси.
Профессор русской истории в университете С. М. Соловьев выпустил первый том «Истории России с древнейших времен». В университетской типографии напечатаны отдельной книгой «Записки охотника» И. С. Тургенева.
Титульный лист «Капитала» К. Маркса с дарственной надписью автора профессору М. М. Ковалевскому.
1854. Начал выходить в свет «Вестник естественных наук», популярное издание Московского общества испытателей природы под редакцией профессора К. Ф. Рулье.
1855. Торжественное — празднование столетнего юбилея Московского университета. Издан «Биографический словарь профессоров и преподавателей Московского университета».
Почечными членами университета избраны известный математик Н. И. Лобачевский и хирург Н. И. Пирогов, а в почетные члены Московского общества испытателей природы английские ученые — астроном Д. Гершель и физико-химик М. Фарадей.
1857. Положено начало традиционных ежегодных встреч воспитанников Московского университета. На организованном впервые вечере присутствовали выпускники начиная с 1816 года.