1858. Издано исследование профессора русской словесности университета Ф. И. Буслаева «Опыт исторической грамматики русского языка», первое исследование истории русского языка.
1860. По инициативе Московского общества испытателей природы при Московском университете профессор Г. Е. Щуровский начал проводить публичные геологические экскурсии в окрестностях Москвы. Открытие первой в Москве воскресной школы, одним из учредителей которой был адъюнкт педагогии Московского университета литературовед Н. С. Тихонравов. При университете основан Физиологический институт.
Профессор университета экономист И. К. Бабст в одной из своих публичных лекций изложил учение К. Маркса, развитое в книге «К критике политической экономии». Об этой лекции К. Маркс упоминает в письме к Ф. Лассалю.
1861. Общество любителей Российской словесности при университете начало издавать «Толковый словарь живого великорусского языка» писателя и лексикографа В. И. Даля.
1862. Адъюнкт университета по кафедре астрономии Ф. А. Бредихин защитил магистерскую диссертацию «О хвостах комет». Этой работой положено начало теории о кометных формах.
1863. При Московском университете основано Общество любителей естествознания, антропологии и этнографии — первое демократическое научное общество. Президентом был избран профессор Г. Е. Щуровский. Общество издавало свои «Известия», «Этнографическое обозрение» и другие издания. Оно было инициатором открытия выставок: этнографической (1867), политехнической (1872) и антропологической (1879), которые положили начало созданию Политехнического, Исторического и Антропологического музеев в Москве.
1866. Опубликована книга профессора ботаники Московского университета Н. Н. Кауфмана «Московская флора», основополагающее исследование в отечественной ботанической науке.
1867. Работой адъюнкта университета А. П. Богданова «Материалы для антропологии курганного периода в Московской губернии» открываются палеоантропологические исследования в России.
1872. Начало работы в Московском университете приглашенного для чтения лекций известного ботаника К. А. Тимирязева.
1873. Профессор физики А. Г. Столетов начинает создавать университетскую научно-исследовательскую физическую лабораторию.
1874. Основоположник Московской школы эмбриологов и цитологов растений профессор университета И. Д. Чистяков впервые в ботанической литературе описал процесс деления клеточных ядер, так называемый кариокинез., одним из первых наблюдал и описал митоз (непрямое деление клетки)у растений.
1877. Открытие памятника М. В. Ломоносову перед зданием университета.