За неделю до Нового года Шварца арестовало гестапо. За ним на квартиру приехала вооруженная группа во главе с офицером и, не объясняя причин, эсэсовцы грубо затолкали Шварца в автофургон. По пути следования Вернер догадался о причине ареста и лихорадочно соображал, как они узнали, что блоки автоматики подрыва бомб выведены из строя по его инициативе? В предательство приятелей он не верил. Вернера привезли на допрос в камеру местного отделения гестапо, где его ожидал штандартенфюрер СС Шнайдер. Более часа Шварц отвечал на вопросы полковника, касающиеся работы и выполнения им должностных обязанностей. По ходу допроса Вернер понял, что его обвиняют, как ответственного за сборку оружия возмездия, допустившего халатность в работе.
На следующее утро Шварца без какого-либо суда и объяснений, не называя срока, который ему предстоит провести в заключении, увезли в концлагерь Заксенхаузен, расположенный рядом с Ораниенбургом. Это был один из первых концлагерей нацистов, организованный после захвата власти Гитлером в 1933 году. В нём содержали политических противников нацизма, арестованных в берлинском регионе — в основном коммунистов и социал-демократов. Шварц раньше не подозревал о его существовании, и только теперь ему пришлось познакомиться с этим заведением. Вернер не знал, что ему повезло, — всех, чьими руками непосредственно производилась сборка бомб, расстреляли по личному приказу Гитлера. Не удалось избежать смерти и Гансу с Фрицем.
Дальнейшая судьба Шварца сложилась неожиданно удачно, в конце апреля лагерь был освобожден советскими войсками, а на следующий день в него прибыла поисковая группа Онормоз, со списками немецких специалистов, участвовавших в урановой программе Рейха. В этом списке значилась, и его фамилия и Шварц сразу же был вызван на допрос, в ходе которого сообщил проводившему его полковнику о лабораториях и полигоне острова Рюген. Не раздумывая дал согласие работать на СССР, и на третий день был вывезен в Москву. По результатам допроса Шварца, две недели спустя, после взятия советскими войсками острова Рюген, поисковая группа Онормоз обнаружит там 200 тонн металлического урана, спрятанного немцами в бывших подземных лабораториях.
Аналогично сложилась дальнейшая судьба научного руководителя урановой программы Рейха Манфреда фон Ардене. Когда в лабораторию ворвались советские солдаты разведывательной группы «Энормоз», он без промедления сдался, согласившись работать на СССР. Его тут же отправили в Москву и доверили важное направление в советском атомном проекте по исследованиям эффективного обогащения урана и производства плутония. Среди других немецких специалистов, отправленных в Союз, были нобелевский лауреат, профессорГустав Герц, доктора Николаус Риль, и Макс Штеенбек, Карл Циммер, профессоры Роберт Доппель, Петер Тиссен. Все они быстро согласились на сотрудничество — теперь сильным мира сего для них был Сталин.