А еще через полгода научный оптимизм Оппенгеймера сменился тревогой. Выяснилось, что имеющимися мощностями по обогащению урана, необходимое его количество для одной бомбы, определяемое критической массой, удастся получить лишь к 1947 году. После двух лет производства U-235 его объем составлял меньше половины необходимого. К осени 1944-го Гровсом и Оппенгеймером экстренно было принято решение о направлении половины от имеющегося количества обогащенного урана U-235 на производство плутония. Но научная группа проекта столкнулась с нерешенными сложностями по конструкции взрывателя для такого вида бомбы. Пока имелись только теоретические проработки, хотя и не подтвержденные экспериментами по конструкции урановой бомбы пушечного типа. Ее схема была разработана ещё английским Комитетом Томсона, и передана американским специалистам осенью 1941-го. В ней предполагалась, что критическая масса создаётся быстрым сближением двух ее половин из Урана-235 в цилиндре, как в пушечном стволе. Скорость сближения была соизмерима с артиллерийскими параметрами, и могла быть создана за счет срабатывания заряда обычного взрывчатого вещества.
Для осуществления взрыва плутониевой бомбы, группа Лос-Аламоса наткнулась на непреодолимую стену строгих математических расчетов: импульс, получаемый от обычной взрывчатки должен собрать критическую массу плутония, сжав ее за период не больше одной трехтысячной доли секунды, в противном случае бомба не взорвется. Расчеты окончательно убедили Оппенгеймера, что получить такую скорость сближения подкритических масс с помощью обычной взрывчатки невозможно. Не имея достаточного количества U-235 для урановой бомбы и детонатора для плутониевой, Оппенгеймер пришел к окончательному выводу — все их начинания обречены на провал. Получалось, что на урановую бомбу не хватает U-235, а плутониевая не может взорваться с имеющимися в распоряжении инженеров проекта детонаторами.
В начале января 1945-го Гровс объявил Оппенгеймеру, что он получил приказ о направлении основной части ученых, занятых в Манхэттенском проекте в состав миссии «Алсос». На фоне неудач, это прозвучало недоверием к его группе, занятой в Лос-Аламосской лаборатории, где после отъезда основных ученых останутся «битые горшки». Оппенгеймер, находясь в отвратительном настроении, отпросился у Гровса для поездки в Сан-Франциско. Генерал не отказал ему и вскоре Роберт повидался с Джейн, которую очень любил и надеялся провести с возлюбленной три-четыре дня. Спустя несколько дней после возвращения в Лос-Аламос, он с удивлением увидел свою фотографию в газете «San Francisco Chronicle» исообщение об убийстве Джейн. Роберт был ошеломлен этим, он вновь отпросился у Гровса, который остался, очень недоволен его поездками.