В связи со снятием с вооружения 25-й Системы стали расформировывать и в/ч ракетных технических баз. В 1989 году была расформирована в/ч 52147 в Трудовой, а объект перешёл в ведение в/ч 11291.
Таким образом, в конце 80-х годов после снятия с вооружения системы С-25 и перехода на С-300 ряд войсковых частей были расформированы, а часть объектов, оставшихся от 25-й Системы, были заброшены. Предлагались различные варианты дальнейшего использования ставших ненужными объектов. Представители промышленности предлагали создать музей ПВО на базе РТЦ в/ч 86814 под Звенигородом, но из этого тоже ничего не вышло.
На командование округа выходили с предложением организовать детский военно-спортивный лагерь на территории РТЦ расформированной в/ч 61941 под Белым Растом. По словам инициатора обращения, командование округа ответило: «Там будут офицерские дачи!», и слово своё сдержало. Обычно после расформирования части РТЦ оставался без охраны, поэтому даже при наличии гермодверей его вскрытие и разграбление были лишь вопросом времени, особенно после массового появления пунктов скупки металлолома.
Самый значительный урон Войска противовоздушной обороны страны понесли после 1991 г. После неудавшегося путча 18–21 августа 1991 г. к концу года перестал существовать СССР. Независимость, а вместе с ней и группировки Вооруженных Сил (в том числе силы и средства ПВО) на своей территории получили все бывшие республики страны.[463]
В 1994 г. начинается очередная перестройка в структуре органов управления и войск округа. Управление 1-й армии ПВО (ОН) к 1 декабря переформировано в управление 1-го корпуса ПВО. Управления 86, 87, 88 и 89-й дивизий ПВО (ОН) 1-й армии ПВО (ОН) переформированы в управления 86, 90, 95 и 117-й бригад ПВО соответственно. В наименованиях новых структур сталинское дополнение – «особого назначения» – было исключено.
Командующий войсками округа генерал-полковник авиации Корнуков А. М., вспоминая эти преобразования, напишет: «К примеру, переформирование 1-й армии ПВО (ОН) в корпус ПВО повлекло за собой увольнение почти 80 % офицеров и генералов управления армии».
К сожалению, эти процессы наблюдались повсеместно. Ко всему прочему, и выплата денежного довольствия уже осуществлялась с опозданием на два-три месяца. Такая обстановка с сокращением войск, задержками с выплатой денежного довольствия приводила только к одному – массовому оттоку высокоподготовленных офицерских кадров.
В рамках организационно-штатных мероприятий, проводимых в 1-м корпусе ПВО, шесть зенитных ракетных полков С-300ПС переформированы в группы зрдн, которые включены в состав соседних зенитных ракетных полков С-300ПТ. Четыре зенитных ракетных полка С-300ПМ (584, 625, 549 и 606-й) также были переформированы в группы зрдн без сокращения боевого состава и включены в состав соседних зенитных ракетных полков С-300ПМ (566, 612, 614 и 629-го соответственно). Данное изменение в составе зенитных ракетных полков С-300ПМ никак не сказалось на системе боевого управления ими в общей структуре системы С-50.