Через четыре дня после Тарутинского сражения, узнав о появлении больших неприятельских сил на Новой Калужской дороге, Кутузов хотел удостовериться о причине прибытия их туда и, если удастся, разбить их. Коновницын убедительно упрашивал Кутузова возложить на него поручение. Сначала Кутузов согласился. Радостно готовился Коновницын в поход, но когда к нему пришёл Кутузов и уговорил остаться в главной квартире, утверждая, что присутствие его здесь необходимо, вместо него послан был на Новую Калужскую дорогу Дохтуров. Спустя два дня Кутузов удовлетворил пламенное желание Коновницына сразиться с ненавистными ему французами. Подходя к Малоярославцу, где уже кипел бой Дохтурова с корпусов вице-короля Италийского, Кутузов остановился и сказал Коновницыну: «Пётр Петрович, ты знаешь, как я берегу тебя и всегда упрашиваю не кидаться в огонь, но теперь прошу тебя очистить город!» Коновницын взял бывшую свою 3-ю дивизию, повёл её в Малоярославец и, вместе со сражавшимися там русскими войсками, оттеснил французов до моста. Когда после Малоярославского сражения, началось отступление Наполеона, Кутузов повел русскую армию параллельно с неприятельскою. Коновницыну предстояли новые труды по хозяйственному управлению войсками и снабжению их всем необходимым в быстром следовании. Подходя к Вязьме, Милорадович, без разрешения Кутузова атаковал неприятелей. Коновницын неоднократно упрашивал Кутузова идти туда с армиею. Ответом Кутузова был решительный отказ. «По крайней мере, позвольте мне ехать в сражение», – сказал ему Коновницын. Устав от его настойчивости, Кутузов отвечал: «Отвяжись, ты, от меня и ступай, куда хочешь!» Мгновенно полетел Коновницын в бой, явился к Милорадовичу и поехал к войскам, распоряжаясь именем Кутузова. Такое же разномыслие с Кутузовым произошло у Коновницына под Красным, где тщетно убеждал он великого полководца перехватить отступление Наполеона.
На одно из таких представлений Кутузов сказал Коновницыну: «Ты видел, когда осенью выставляют зимние оконные рамы? Обыкновенно, между рамами попадаются мухи. Пожужжав, и повертясь немного, они околевают. То же будет с французами: скоро все они издохнут!» После сего ответа, Коновницын выпросился у Кутузова в сражение и, как под Вязьмою, отдавал и здесь войску приказания именем фельдмаршала. Здесь были последние боевые подвиги Коновницына в Отечественную войну, ибо после битвы под Красным главная русская армия не участвовала в сражениях. Переправясь через Березину и поручив свою армию Тормасову, Кутузов поехал в армию Чичагова и Витгенштейна для предупреждения с их стороны ошибок, какие были сделаны ими на Березине. Коновницын был с Кутузовым. Следуя за бежавшими французами, Кутузов, в одних санях с Коновницыным, въехал в Вильну. Торжественно встреченный в замке депутатами всех сословий города Кутузов, только вступил в комнату, обнял Коновницына. Коновницын уже был награждён за Смоленское и Лубянское сражения орденом св. Владимира 2-й степени, за Бородино – золотою шпагою с алмазами и надписью «за храбрость», за Вязьму и Красный – Александровскою лентою. Высшие награды ожидали его. По прибытии в Вильну Императора Александра, Кутузов испросил Коновницыну орден св. Георгия 2-го класса. Не довольствуясь тем, Император назначил его флигель-адъютантом. Осыпаемый щедротами монарха, Коновницын просил ещё милости – позволения ехать в Петербург и увидеться с женою и детьми. Получив отпуск, он сдал главное дежурство князю Петру Михайловичу Волконскому и спешил обнять близких его сердцу.