После заключения Брестской унии в 1596 году, требовавшей от всего духовенства Речи Посполитой подчинения Риму, патриарх Мелетий Пигас, занимавшийся в то время вопросами восточной Европы, выпустил указ, по которому православным священником может стать только человек с высшим образованием. Мелетий исходил из того, что князья станут защищать учебные заведения в своих городах, необходимые им и для репутации, и для влияния в Европе, и для консультаций, и поневоле защитят православие, перешедшее на полулегальное положение. Разумеется, многие местные князья в Речи Посполитой хотели досадить католикам, чтобы отстоять свою независимость от короля или сейма, но вопрос был в том, чтобы они становились православными, а не протестантами. Кроме того, требование диплома о высшем образовании отсекало от служения у алтаря как авантюристов, так и тайных католиков с западными дипломами.
Так как многие города Речи Посполитой следовали Магдебургскому праву, защищавшему автономию корпораций, то был придуман новый тип корпораций – братства, по уставу содержавшие церкви и монастыри в должном порядке и потому имевшие право отстранять от служения священников, которые не оправдали доверия, например распродали церковное имущество. Так как епископы, вступившие в унию с Римом, могли быть признаны расхитителями церковного имущества, то братство получало власть над епископами, а так как протестантизм требовал секуляризации (конфискации в пользу государства) монастырского имущество, братство противостояло протестантизму.
Львовское братство сразу создало свою школу, получив учредительный документ патриарха. Братское богословие имело свои особенности, например оно утверждало чуть ли не тождество греческого и славянского языков, что оказывается политическим приложением аристотелевского учения о единой сущности вещей, различающихся акциденциями (привходящими признаками). При этом латинский язык другой природы, потому что на нем обсуждаются другие богословские вопросы, и только «пресуществление» этого языка, перенос в него православной богословской проблематики, создаст языковое и политическое единство восточной Европы. Другая особенность львовской школы – создание катехизисов, массово распространяемых руководств по основам богословия, написанных в форме вопросов и ответов, как диалоги Платона, тогда как в средневековом христианстве катехизисами назывались проповеди, направленные на желающих обратиться в христианство и объясняющие христианское учение простыми словами.
Князь Константин Острожский купил для школы типографию и обратился к польскому королю с просьбой дать школе статус университета. Князь рассчитывал, что король, побаивавшийся монахов-иезуитов, главных проводников Контрреформации как слишком выполняющих волю Рима, решит для равновесия поддержать православных. Король долго колебался, но так окончательного решения и не принял. Далее львовская школа обратилась за поддержкой к Лжедмитрию во время его похода на Москву, но Лжедмитрий не имел с точки зрения польской короны полномочий действовать на польских землях. При этом все православные высшие учебные заведения Речи Посполитой поддерживали Лжедмитрия, равно как и всех, кто участвовал в походе на Москву, в том числе рассчитывая открыть новые университеты и на московских землях.