После поражения Лжедмитрия и нового подъема Москвы иезуиты взяли реванш и в 1624 году захватили Острожскую академию, преобразовав ее в свою коллегию. Напомню, что иезуитские коллегии стали образцом для нынешних средних школ как первое массовое, а не индивидуальное образование: иезуиты придумали классы, журналы, парты по двое, многочисленные промежуточные экзамены, шкалу оценок и письменные работы. Целью иезуитских школ было объединить учащихся в классы, чтобы управлять их воображением и тем самым создавать широко образованных людей, способных и решать нестандартные задачи, и объединяться вместе, имея опыт объединения в класс, для совместных действий в непривычной и незнакомой обстановке.
Острог пал, а Киев стал подниматься. В Киеве тоже возникло братство, поддерживаемое местными казачьими офицерами, и жена одного из казачьих генералов дала деньги на создание школы. Ректор был приглашен из Львова, чтобы программы обучения были на уровне. В 1620 году гетман Петр Сагайдачный получил от патриарха Феофана документ о ставропигии (прямом подчинении патриарху) киевской школы. Дело в том, что в Киеве служил присланный патриархом православный епископ, которого польская власть не признавала, и казаки решили, что, если все рукоположенные этим епископом священники будут иметь университетское образование, рано или поздно их церковь придется признать.
Киевская академия располагалась, как и некоторые ранние европейские университеты, сначала в монастыре. Первый ректор Киевской школы Исаия Копинский решил, в частности, скопировать для школы устав афонских монастырей, видя в нем несколько преимуществ: в нем предписывалось ежедневное чтение книг, были продуманные часы отдыха, использовались механические часы для расчета времени, наконец, соединялись частые общественные богослужения, а не только раз в неделю, с занятиями по самостоятельной подготовке. В это же время на афонский устав перешли Львовская академия и ряд монастырей этих земель благодаря епископу Луцкому Исаакию, в молодости жившему на Афоне. Чтобы было что читать, всем детям аристократов, принимавших монашество в Киево-Печерской лавре, было велено жертвовать имущество на закупку книг. Но в Киеве обозначилась одна проблема: в 1632 году сейм, наконец, признал православные братства юридическим лицом во всей Речи Посполитой, и православные епископы и сотрудники их аппарата испугались, что теперь настанет диктатура братств. Тогда в 1633 году сын валашского господаря Петр Могила добился от польского короля признания его митрополитом Киевским и стал действовать решительно, соединив киевскую братскую школу со своей частной латинской школой, копировавшей программы латинских коллегий, в единую академию. Петр Могила разогнал всех епископов, игуменов и профессоров и начал с нуля, снискав, в конце концов, уважение и Кракова, и казачьей верхушки. Особенностью созданной им академии были диспуты по богословским вопросам каждую субботу, в которых должны были участвовать все ученики, а также довольно долгий срок обучения, так как, например, нужно было отдельно изучать поэтику (правила стихосложения, дававшие общую литературную культуру и культуру воображения, как и в иезуитских школах), а отдельно – риторику. На высшей ступени изучалось богословие, причем здесь количество лет не регламентировалось, и в основном требовалась самостоятельная работа – можно сопоставить богословский класс с нашей аспирантурой. Также учащиеся помогали самому Петру Могиле составлять книги. Когда польский король потребовал от Петра Могилы закрыть школу, обвинив ее в протестантизме на основании того, что каждый студент по индивидуальной программе занимается богословием, Петр просто пренебрег этим приказом. В 1659 году, уже после смерти основателя, Академия получила по Гадячскому договору, впервые признавшему политическую субъектность Украины в составе Речи Посполитой, статус университета, причем с обязательством контролировать все прочие школы, чтобы среди профессоров и студентов не было протестантов и ариан (отрицателей Троицы, исходивших из представлений новой науки о начале как отправной точке вещей, на три не делящейся, – таким арианином в Англии был Исаак Ньютон, и в Польше их было довольно много).