Первым университетом в Москве следует считать школу Феодора Ртищева при Андреевском монастыре, открытую в 1649 году. Все профессора учебного заведения были выпускниками братских школ Речи Посполитой. В этой школе философию изучали, комментируя в классе труды Иоанна Дамаскина. Патриарх Никон перевел эту школу в Кремль и опирался на труд ее профессоров и выпускников, выпуская новые издания книг, но неудача его церковных реформ привела и к падению школы.
Потом в Москве создавались только частные школы, которые не могли считаться университетами, так как готовили выпускников только для какой-то одной отрасли. Например, одну из них, для подготовки дипломатов, создал в 1664 году Симеон Полоцкий, в 1667 году при одной из московских церквей открылась школа для будущих проповедников, а в 1679 году патриарх Иоаким основал типографскую школу, которую тоже можно считать отраслевой, ведь типография обладала монополией на выпуск книг в Московском государстве.
Единственная попытка создания университета вне Москвы в допетровское время – школа, созданная в Усолье, в Пермских землях. В эти земли, которыми правила династия Строгановых, иногда по личным обстоятельствам переезжали иконописцы из московских иконописных мастерских, так что неудивительно, что за ними потянулись и книжники. Эту школу открыл священник, привезший из Москвы библиотеку, в которой были книги Симеона Полоцкого и другие учебники, и такой университет начал работать на энтузиазме одного человека.
В конце концов, после множества дворцовых интриг, в Москве в 1682 году открылась Славяно-греко- латинская академия, с которой началась история университетов в нашей стране. Это учебное заведение готовило и типографских работников, и священников- проповедников, то есть как и положено университету – людей разных специальностей. Создатели академии, братья Иоанникий и Софроний Лихуды, ввели различение специальностей, просто дифференцировав такой предмет, как риторика. Единая наука была поделена на три специализации – божественная риторика, а именно церковная проповедь и составление богослужебных поэтико-музыкальных произведений, героическая риторика, политическое красноречие, помогающее добиться своих целей и избежать политических конфликтов, что нужно политику и дипломату, и человеческая риторика, ставящая целью убедительное решение прикладных вопросов, в том числе подготовки, издания и распространения книг.
Надо заметить, что эта программа вызвала гнев греческого патриарха Досифея, заявившего, что рано или поздно она приведет к тому, что светские политики, дипломаты и предприниматели возьмут контроль над церковью, ведь они все не хуже будут разбираться в богословских вопросах и победят количеством. Иначе говоря, то, что университет в Москве был практически ориентированным, прикладным, даже для грека, соотечественника Лихудов, казалось нарушением не только академических, но и церковных свобод. В 1701 году Петр I ввел подготовку медиков в программу академии, и с этого момента начинается уже большая история университетского образования в России нового времени.