Советские специалисты просчитали, что разместив ракеты на Кубе, можно достичь некоторого ядерного равновесия. Советские ракеты средней дальности на кубинской территории, имея дальность стрельбы до 4000 км (Р-14), могли держать под прицелом Вашингтон и около половины авиабаз стратегических ядерных бомбардировщиков стратегических ВВС США, с подлётным временем менее 20 минут.
К июню 1962 года Генеральный штаб СССР разработал операцию прикрытия под кодовым названием «Анадырь». Руководил операцией маршал СССР Ованес Хачатурович Баграмян. Место назначения ракет, естественно, было засекречено. Все сопровождающие груз думали, что они направляются на Чукотку.
Для переброски войск выделили 85 кораблей. Ночью 8 сентября в Гаване была разгружена первая партия баллистических ракет средней дальности. Вторая партия прибыла 16 сентября. Штаб Группировки советских войск на Кубе (ГСВК) расположился в Гаване. Основные войска были сконцентрированы вокруг ракет в западной части острова. Несколько крылатых ракет и мотострелковый полк были переброшены на восток Кубы недалеко от Гуантанамо. К 14 октября на Кубу доставили все 40 ракет.
Американцы предполагали, но не располагали доказательствами размещения на Кубе советских ракет. Плотная облачность и ураганы в бассейне Карибского моря способствовали этому.
В свою очередь Вашингтоном был разработан специальный план по ликвидации правительства Фиделя Кастро под кодовым названием «Мангуст». Планом предусматривалось: в августе-сентябре – подготовить и начать антикастровское «повстанческое» движение на Кубе. С этой целью, в августе, близ берегов Кубы были проведены крупномасштабные военно-морские маневры.
До 5 сентября самолёты ВВС США с ведома ЦРУ облетали Кубу дважды в месяц. Затем эти полёты перешли под контроль ВВС. 14 октября самолёт-разведчик Lockheed U-2 пилотируемый майором Ричардом Хейзером, взлетел в 3 часа ночи с авиабазы Эдвардс в Калифорнии. Полёт до Мексиканского залива занял у него 5 часов. Хейзер облетел Кубу с запада. Вернувшись на базу, Хейзер вручил плёнку ЦРУ. В этот же день до высшего руководства США было доведено, что на плёнке зафиксированы советские баллистические ракеты средней дальности. После этого по приказу Кеннеди полёты над Кубой участились в 90 раз: с двух раз в месяц до шести раз в день.
Кеннеди объявил по американскому радио и телевидению об обнаружении на Кубе советских ракет. Президент Кеннеди собрал особую группу советников (исполнительный комитет) на секретное совещание в Белом Доме. Комитет предложил президенту три возможных варианта: