Главные черты учения о Боге, как установили его апологеты и враждебные гностицизму отцы, оставались неизменными; они направлялись против манихейства, и развитие учения о Троице почти не затрагивало их, так как здесь имелся ввиду лишь Отец как корень Божества (riza thV JeothtoV). Но с возрастающим библеизмом и монашеским варварством в богословие постепенно проникали антропоморфические представления. Аристотелики (Евномий, Диодор из Тарса; в особенности с начала VI века) спорили с платониками о непознаваемости Бога, хотя в основе они были согласны между собою. Все соглашались, что Бога можно познать только через откровение, точнее через Христа, но из этого положения обыкновенно не выводили дальнейших следствий, но восходили от мира к Богу, развивая дальше старые доказательства, и прибавив к ним онтологическое (Августин). Богословы-неоплатоники допускали на высшей ступени непосредственное, интуитивное познание Божества, но, вместе с тем, именно они развили схоластическую форму богопознания (Ареопагит: отрицание, совершенство, причинность).
Самым высшим определением сущности Божией все еще оставалось то, что он отличен от мира и является духовной, бессмертной субстанцией ('On), которой одной принадлежит бытие (аристотелики допускали начало и конец, не изменяя, однако, решительно платоновской схемы). Его благость является совершенством, отсутствием зависти, потребностью творить (попытки более совершенного понимания у Августина: Бог как любовь, освобождающая человека от эгоизма и внутреннего разлада). Соответственно этому, излагались свойства Бога как выражение причинности и могущества, причем цель спасения оставлялась в стороне (понимание Оригена было умерено, вернее, исправлено). Наряду с натуралистическим воззрением на божество, как на 'On, стоит моральное, как на мздовоздателя и судию; и на него идея спасения имела едва заметное влияние (меньшее, чем у Оригена), так как «воздаяние» и наказание являлись равнозначащими. Но Августин понял малоценность такого учения о Боге, которое приводит его в соприкосновение с человеком только в начале и в конце и делает человека независимым по отношению к Богу вместо того, чтобы признать Бога двигателем к добру и источником личной блаженной жизни.
Космология отцов является, следовательно, вкратце следующей: Сам Бог, носивший в Себе от вечности идею мира, через Логоса, обнимающего все идеи, создал этот мир в свободном самоопределении. Мир этот имеет начало и будет иметь конец; Бог создал его по образцу созданного Им высшего мира в шесть дней из ничего и увенчал его созданием человека – чтобы доказать Свою благость и дать тварям участие в Своем блаженстве. Этот тезис устранял ересь Оригена (также и его пессимизм). Однако, не удалось вполне защитить буквального смысла Бытия 1-3, и в представлении о высшем мире (kosmoV noeroV), ничтожным отражением которого является земной, была сохранена важная часть неоплатоническо-оригеновского учения, которая затем со времени Ареопагита широко развивалась платонизирующими мистиками. Однако, пантеистические ереси оставались незамеченными, если только буквальный смысл Бытия 1-3 сколько-нибудь был сохранен. Теодицея – все еще необходимая ввиду манихейства и фатализма – искала опоры в эмпирических соображениях, но, желая также быть естественным богословием, она обнаруживает античный корень в своей часто странной казуистике и своих колебаниях (ср., напр., псевдо-юстиновские «Вопросы», которые, может быть, принадлежат Диодору из Тарса или, во всяком случае, антиохийцу его времени; см. «Texte und Untersuchungen», т. 21, вып. 4, 1901). Указывалось на необходимость и целесообразность свободы творений, которая должна иметь своим следствием зло и несчастья, на безвредность несчастий для души, на недействительность зла и на целесообразность несчастий как средства очищения.