В середине 60-х гг. Ф. Отман возвратился на родину, начал читать курс права в университете Гренобля. В 1566 г. занял кафедру в университете Буржа. При этом мыслитель оставался кальвинистом и не порывал прежних связей с германскими князьями. После выхода в свет наиболее известного в области права трактата «Анти-Трибониан» в 1567 г. Отман получил от королевы Елизаветы приглашение посетить Оксфордский университет, но ответил отказом. Позднее он все же согласился вступить в должность королевского историографа, которую для него добился известный гуманист, в то время канцлер Франции Мишель де Лопиталь.
С 1567 г. Отман принимал активное участие в идейной и политической борьбе; прекратив разрабатывать проблемы гражданского права, он стал секретарем принца Конде — главы французских протестантов. С этого времени мыслитель в качестве политического публициста и в силу служебных обязанностей взял на себя труд по составлению или редактированию всех документов (включая воззвания и обращения), выходивших от имени Конде. В конце 60-х гг. он как королевский историограф прочно обосновался в Париже (после гибели своего покровителя в 1569 г.), приступив к изучению разнообразных архивных и рукописных материалов. В данный период формируется политическое учение Ф. Отмана и ведется подготовительная работа, предшествовавшая написанию «Франкогаллии».
Варфоломеевская ночь отразилась на ходе и характере протестантского движения, перевернув судьбы многих его участников. Отман чудом пережил кровавое событие, т. к. за день до начала резни пешком покинул Бурж, затем бежал сначала в Лион, а в 1573 г. в Женеву. В изгнании мыслитель узнал о смерти Мишеля де Лопиталя — давнего заступника и «последней жертвы Варфоломеевской ночи». В эти годы он опубликовал свои наиболее известные сочинения, в том числе «Франкогаллию». С 1576 г. возобновил преподавательскую деятельность, однако так и не сумел выбраться из бедности. Большим ударом для него стал переход сына в католицизм.
Заслуги Отмана перед протестантской партией не забыли; так, в 1584 г. он получил от короля Наваррского послание, подписанное «добрый и верный друг Генрих». Действительно, августейшему покровителю срочно потребовался полемический талант знаменитого публициста; в результате появился труд Отмана «О наследовании французского королевства» (1584 г.). Король Наваррский в благодарность сделал автора членом своего частного совета (1586 г.).
После Немурского эдикта и буллы папы мыслитель вновь взялся за перо, выступив в печати с обращенной ко всем французам пламенной речью в защиту правящей династии и установленных законов. Война с Савойей привела его в Базель, где Отман и умер 12 февраля 1590 г. Он был современником почти всех важнейших событий религиозных войн, в эмиграции проявив себя в новом качестве политического теоретика и одного из наиболее оригинальных писателей-полемистов XVI в. В Женеве и Базеле издавались все сочинения Ф. Отмана, посвященные проблемам политической науки, в том числе и весьма радикальные, запрещенные не только во Франции, но и за ее пределами.