Фолиация, нанесенная карандашом, не учитывает также пустых листов. Так, пропущен л. 276, не занятый текстом, он помечен только чернилами и соответственно, начиная с л. 277, разница в нумерации составляет уже 8 листов и сохраняется до л. 302 включительно. Листы 303 и 304, пустые, имеют только чернильную фолиацию: с л. 305 разница в нумерации составляет уже 10 листов. Л. 308. пустой, не имеет карандашной фолиации, а л. 309 помечен карандашом как л. 298: расхождение увеличилось до 11 листов. Л. 326 пропущен карандашной фолиацией, по-видимому, по ошибке, и л. 327 обозначен карандашом как л. 315: разрыв в нумерации в 12 листов сохраняется до л. 429, помеченного карандашом как л. 417. Л. 430, пустой, не имеет карандашной фолиации, и с л. 431 разница, составляющая 13 листов, сохраняется до л. 465. Далее л. 466—469 пустые, не имеют карандашной фолиации, в результате разница в нумерации достигает 17 листов: л. 470 пронумерован карандашом как л. 453. Данное расхождение удерживается до конца рукописи: последний лист с текстом стихов, помеченный Саввой как л. 547, соответствует л. 530 карандашной фолиации.
Первоначально рукопись была пронумерована самим Симеоном по тетрадям (чернилами, буквами кириллической азбуки). Тетрадь с текстом «Предисловия"» не входит в счет пронумерованных им тетрадей, поскольку была присоединена позже к уже готовому корпусу стихов. Сигнатурой охвачены 52 тетради (что соответствует в рукописи л. 4—420) — таков объем изначального блока стихотворной книги. Впоследствии он дополнялся и разрастался.
Сигнатура занимает, как правило, середину нижнего поля. В некоторых случаях очевидно, что тетради нумеровались после того, как были заполнены текстом. Так. в тетрадях 24-й и 42-й номера написаны вкрай листа, у обреза, поскольку нижнее поле занято текстом стихов; в тетради 33-й номер проставлен не в середине нижнего поля, как обычно, а у корешкового сгиба; номер тетради 52-й — на боковом поле у внешнего края; номер тетради 5-й обозначен на л. 37. поскольку л. 36. с которого начинается данная тетрадь, несколько короче остальных. Начиная с л. 421, сигнатура отсутствует.
Несколько из дополнительно присоединенных Симеоном тетрадей имеют пагинацию, проставленную им в нижних внешних углах листов; с 1 до 35 страницы (470—487 об.) и с 1 по 32 страницу (508—523). что свидетельствует об очередном этапе авторской работы над составом «Вертограда».
Сигнатуры оказалось недостаточно, когда Симеон решил систематизировать стихи при помощи алфавитного указателя, и тогда в верхних углах листов С. Медведев сделал своим изящным каллиграфическим почерком постраничную разметку славянской цифирью вплоть до «Регистра» — 969 страниц (=487 об.).