Из-за неточностей в «Регистре» писцами были пропущены двустишие на л. 40 об., примыкающее к группе стихотворений «Наказание», и двустишие «Слово Божие» на л. 145 об. В первом случае в «Регистре» дана отсылка с указанием, что на странице 76 (=40 об.) имеются два стихотворения с названием «Наказание». в то время, как в действительности таковых три; причем пропущенное стихотворение имело заглавие «Тож», поскольку помещено вслед за стихотворением под названием «Наказание». Во втором — в «Регистре» не отмечено, что под заглавием «Слово Божие» на странице 286 (=145 об.) — два стихотворения; пропущенным при перенесении стихов из рукописи А в список В оказалось второе, условно обозначенное Т».
Двустишие «Слезы» (147 об.) и стихотворение «Блуд со сыном» («Жена некая сына си любяще...»; 331) выпали из поля зрения писцов, переносивших стихи из автографа в список В, поскольку в «Регистре» не указаны страницы, на которых они находятся в рукописи А: рядом с названием «Слезы» отсутствует отсылка к странице 290 (=147 об.), а рядом с заглавием «Блуд со сыном» проставлена страница другого одноименного стихотворения («Муж некто благочестный...») — с. 835 (=417 об.), отсылки же к странице 662 (=331), где впервые появляется стихотворение с данным заглавием, в «Регистре» нет. Относительно же стихотворения «На Рождество Христово» (148) Симеон распорядился: «Сия особно в приветства отнести» (см. комментарий).
Первоначальный основной корпус стихотворного текста «Вертограда» Симеон дополнил затем стихами из ранее написанного. Среди них оказалась декламация «Стиси краесогласнии...» (449—451 об.), которая однако не вошла в окончательный состав «Вертограда», поскольку тяготела скорее к окказиональной поэзии, чем к жанрам христианской дидактики. Симеон перенес декламацию в «Рифмологион» (ГИМ. Син 287. Л. 335—338).
Начиная с л. 446, на полях рукописи рядом со стихами, которые не учтены «Регистром» (поскольку они создавались и вливались в список В уже в процессе его изготовления), написана (киноварью или чернилами) буква п — знак того, что данное стихотворение переписано в «чистую книгу», то есть в список В.
В ряде случаев смысл чтений авторской рукописи при переписке искажен, и только обращение к автографу способствует правильному пониманию текста. Так. в стихотворении «Славы Моея иному не дам» словосочетание у Бога передано в писцовых списках В и С как краткое прилагательное убога; в автографе: «В благих орудия мы делех у Бога, / убо не нам слава, но Богу премнога» (15 об.), стало: «В благих орудия мы делех