Идиллию нарушают вооруженные «антимузыкальными ракетами» Синие Вреднючки (Blue Meanies). Спасаясь от них, главный герой фильма Юный Фред забирается в Желтую подводную лодку и отправляется на ней в Ливерпуль. Там он встречает Beatles, которые соглашаются плыть вместе с Фредом в Пепперленд. Они странствуют по различным морям – Морю Времени, Морю Науки, Морю Монстров и Морю Дырок. В Пепперленде Beatles обращают Вреднючек в свою веру, пробуждают своей музыкой все живое, в том числе и Оркестр Сержанта Пэппера и под звуки “All You Need Is Love” восстанавливают идиллию Любви.
Несмотря на сказочный, пропитанный поэтикой обожаемого битлами Льюиса Кэрролла сюжет, «Желтая подводная лодка» не лишена и политических обертонов.
«Мой отец, – вспоминает дочь художника-постановщика фильма Хайнца Эдельмана, – пережил и нацизм, и коммунизм и наполнил фильм политическими метафорами. Падающие с неба шары – это бомбы, летающая перчатка – тяжелая рука угнетения (в конце фильма Джон убирает первую букву слова GLOVE, преобразуя ее в LOVE – АК), а Blue Meanies – прибегающие к геноциду тираны. Более того, поначалу они должны были быть Red Meanies – зловещий символ коммунизма».
При всей своей брызжущей через край и моднейшей во второй половине 60-х психоделичности визуальная и звуковая образность «Желтой подводной лодки», так же как и образность предшествовавшего ей альбома Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band, погружена в мюзик-холльную эстетику рубежа XIX–XX веков.
Ностальгическое очарование английским мюзик-холлом было вообще характерно для британского рока середины 60-х – следы этой ностальгии отчетливо слышны в музыке Kinks, Small Faces и других групп этого времени. Маккартни вырос не только на Элвисе Пресли и Чаке Берри, но и на музыке начала века, которая в изобилии звучала у него дома – отец его был полуджазовым, полумюзик-холльным музыкантом.
Эдвардианская эстетика ощутима и в костюмах, в которые вслед за «Сержантом» художники фильма облачили рисованных Beatles, и в как будто позаимствованном из романов Герберта Уэллса интерьере самой субмарины с ее трубами, приборами и прочим техническим антуражем, и в “Lucy in the Sky with Diamonds” c ее танцующими девушками в развивающихся, в точности как у Айседоры Дункан, платьях.
Наиболее ярко и точно визуальный ряд фильма проявляется в сценах в Ливерпуле – в особенности в блестящей визуализации “Eleanor Rigby”: так и не вышедший и в 60-е из своей викторианской образности черно-белый мрачный индустриальный город, единственное яркое пятно в котором – проплывающая субмарина. Фабричные трубы, голые улицы с доходными домами и мелькающими время от времени на них фигурами – те самые «all the lonely people».