Ещё млекопитающие отличаются от пресмыкающихся прежде всего не скелетом, а мягкими тканями: органами размножения, дыханием с помощью диафрагмы, вынашиванием и вскармливанием потомства. Наибольшие различия между пресмыкающимися и млекопитающими мы находим в строении головы. Все млекопитающие (ископаемые и современные) имеют нижнюю челюсть, состоящую из двух костей, с тремя особыми слуховыми косточками с каждой стороны. Пресмыкающиеся же (ископаемые и современные) имеют по четыре кости в каждой половине челюсти, но лишь по одной слуховой косточке слева и справа. Так вот, не найдена ни одна переходная форма, обладающая, к примеру, двумя или тремя нижнечелюстными костями и двумя слуховыми косточками. Если эволюционная теория верна, то такие переходные формы должны были существовать. Но трудно представить себе, что в один прекрасный день у некоторых пресмыкающихся две подчелюстные кости сами по себе изменили свою форму и переместились в ухо! Но так как большинство людей склоняется к версии постепенных изменений (процесс эволюции), напрашивается вопрос, как же эти переходные организмы сумели жевать с «шарнирной», не полностью сформированной челюстью, и как эти животные слышали во время коренной перестройки их слухового аппарата?
Происхождение теплокровия – ещё одна очень крупная проблема эволюционной теории, которую не удаётся объяснить. Происхождение птиц от пресмыкающихся также представляет собой великую загадку эволюции, несмотря на солидную находку археологов – знаменитый «промежуточный вид» – ископаемую птицу археоптерикс. Однако в её лице мы имеем не промежуточный вид, а вполне нормальную птицу. Для превращения наземного животного в летающее в нём должны были перестроиться практически все кости и ткани. Именно на этой стадии изменений можно было ожидать встретить многочисленные промежуточные формы. Если ещё вспомнить, что при эволюционном развитии подобный переход должен был осуществиться как минимум четыре раза, то в ископаемых свидетельствах не должно быть недостатка. Однако до сих пор не обнаружено ничего даже отдалённо напоминающего переходные формы. Все группы летающих появляются в отложениях внезапно, в законченном развитии и зачастую ещё и в большом разнообразии видов. Но, несмотря на это археоптерикс, ископаемая птица юрского периода, всё ещё выставляется в качестве характерного представителя переходного вида. Компетентные эволюционисты сами признают, что, например, перья археоптерикса по своему строению ничем не отличаются от оперения сегодняшних птиц. Ещё никому не удалось обнаружить ископаемые промежуточные формы с полуразвитыми крыльями или перьями. Многие учёные в пылу фантазии наделяют археоптерикса большим количеством признаков пресмыкающегося, чем он их имеет. Так называемые признаки пресмыкающихся у археоптерикса заключаются в наличии когтей на крыльях, зубов, позвонкового хвоста и маленькой грудины. Но это не признаки настоящей переходной формы, потому что они все встречаются и у современных птиц нашего времени! Например, южноамериканская птица гоацин тоже имеет маленькую грудину и по два когтя на каждом крыле. При этом гоацин, бесспорно для всех учёных, типичная птица. Птенцы африканской птицы турако (подотряд кукушек) тоже имеют когти на крыльях, и никто не считает её переходной формой. А что касается зубов, то верно, ни одна из существующих на земле птиц не имеет зубов, но и некоторые очень древние ископаемые птицы зубов тоже не имели. Почему наличие зубов должно указывать на происхождение археоптерикса от пресмыкающихся? Ведь и среди них одни имеют зубы, а другие нет. Зубы – ещё не доказательство происхождения от рептилий. Кроме того, являются ли беззубые птицы более высокоразвитой формой по сравнению с зубастыми? Так рассуждая, можно прийти к заключению, что утконос(самое примитивное млекопитающее) по развитию должен стоять выше человека, так как он имеет хвост как у бобра, ядовитые когти на задних лапах (по строению напоминающие зубы змей), ласты, как у выдры, утиный нос, плечевой пояс как у пресмыкающегося, несёт яйца и вскармливает детенышей молоком. И, если это животное является «переходной формой», то от кого к кому?