В "Ватаге" Шишков прослеживает развитие негативных сторон народной жизни, но уже в условиях революции. Повесть написана на документальном материале, на основе "эпизодов, имевших место в Кузнецком округе, Томской губернии, в 1919 году". Тем не менее судьба произведения в критике и в издательской практике была довольно трудной. Достаточно сказать, что "Ватага" не переиздавалась с 1927 года до недавнего времени.
Повесть была впервые опубликована в альманахе "Наши дни" в 1924 году и сразу встретила холодный прием. Негативно оценил ее, например, Д. Фурманов: "Неужели в самом деле такими зыковыми, хотя бы и редко, творились объективно революционные дела?" В то же время автор "Чапаева" не мог пройти мимо художественных достоинств произведения Шишкова: "Опасность от "Ватаги" усугубляется тем, что написана повесть хорошо, читается с большим захватом".
В этом и других подобных отзывах заметно стремление оценивать литературное произведение по чуждым ему законам, в альтернативной форме, как на фронте: друг или враг. Отвечая на критику, Шишков в издании 1927 года (в Собрании сочинений) снабдил повесть предисловием, где постарался разъяснить свою позицию, отвести прямолинейные упреки: "Было бы несправедливо не только по отношению к партизанскому движению сибирского крестьянства, но и по отношению к автору искать в романе "Ватага" отражение этого великого движения во всей его многогранности". Далее он замечает: "В романе "Ватага" показан лишь определенный слой восставшего крестьянства, разбавленного бежавшей из тюрем уголовщиной, и притом - в моменты наибольшего разгула необузданных инстинктов". Но объяснения Шишкова в конце 20-х годов, в обстановке торжества рапповщины, догматиков, не были услышаны, и "Ватага" пропала для читателей. Она не включалась и в собрания сочинений писателя, выходившие в 40 - 70-е годы, хотя голоса в ее защиту в нашей печати не раз раздавались.
Сам Шишков некоторое время еще продолжал бороться за "Ватагу". Так, в 1931 году он опубликовал в журнале "Пролетарский авангард" под названием "Партизаны" несколько фрагментов с подзаголовком: "Дополнительные главы к роману "Ватага"". В них рассказывается об одном из подчиненных Зыкову "правильных" партизанских отрядов. Но главки эти и сюжетно, и по общей тональности выглядят по отношению к "Ватаге" чужеродными, не "ложатся" в текст. У нас даже нет указания автора, в какое место повести они должны быть помещены.
Думается, что жесткая критика "Ватаги" отчасти связана с привычкой сближать героя и его создателя. Именно так оценивали подчас "отношения" М. Горького и его Клима Самгина, не замечая авторской иронии и сарказма. Именно так судили и о "Ватаге", не придавая значения усиливающемуся к концу повести авторскому снижению Зыкова и самому финальному эпизоду с расстрелом главаря ватаги. Но - из песни, повести слова не выкинешь. Зыкова у Шишкова настигла справедливая кара.