По плану, заранее разработанному штабом флотилии, вокруг Темрюка заняли позиции морская пехота, подвижные береговые батареи, а в гавани корабли. Руководил обороной города и порта тот же контр-адмирал С. Ф. Белоусов, назначенный командиром Темрюкской военно-морской базы. Штаб базы возглавил капитан 3 ранга Ф. Ф. Павлов.
Из моряков, оставшихся без кораблей, спешно формировались роты и батальоны. Этим занимались работники штаба флотилии майоры М. И. Перебасов и М. Д. Григорьев. На рубежах Темрюка дрались созданные здесь же 14, 144 и 305-й отдельные батальоны морской пехоты, три истребительных батальона, в которые вошли добровольцы из молодежи Ейска, Приморско-Ахтарской и Старощербиновки, местный отряд партизан.
Схватки завязывались отчаянные. В одну из контратак против превосходившей по численности части вражеских кавалеристов подразделения 144-го батальона повел военном батальонный комиссар В. В. Анфиногенов. Морские пехотинцы задержали гитлеровцев на занимаемом рубеже, но военком в этом бою был сражен вражеской пулей. На другом участке противник прорвался к командному пункту батальона. Начальник штаба старший лейтенант Н. М. Герасименко поднял в ружье всех, кто был на КП и поблизости, - связистов, посыльных из подразделений, писарей, поваров. Под его командованием горстка бойцов бросилась в рукопашную, уничтожила 20 гитлеровцев и отбила атаку.
В ночь на 18 августа группа бойцов 305-го батальона морской пехоты, возглавляемая военкомом сектора береговой обороны полковым комиссаром А. А. Ефимовым, стремительной атакой выбила врага из укрытия. Одним из первых в расположение гитлеровцев ворвался полковой комиссар. Разорвавшейся у ног гранатой Ефимов был тяжело ранен в ноги и голову. Из боя его вынес воспитанник батальона комсомолец Михаил Хайновский.
Днем 19 августа роте 144-го батальона, которой командовал лейтенант А. В. Попов, часто приходилось переходить в рукопашные схватки с противником, наседавшим на участке колхоз "Светлый путь", поселок Калабатка. Поддерживаемая огнем батарей старшего лейтенанта Г. Н. Тернопольского и капитана Д. А. Хлебникова, рота отбрасывала врага с большими для него потерями и прочно удерживала занимаемые рубежи. В этот же день коммунисты старшины П. Г. Коробейников, Н. П. Покрышкин и Широков из взвода ПВО установили в кузове автомашины три пулемета. Машина, которую вел краснофлотец Перфильев, на предельной скорости ворвалась в Калабатку, где противник накапливал силы для атаки. Группа обстреляла разбегавшихся в панике гитлеровцев и, уничтожив до 60 из них, сорвала очередную вражескую атаку, после чего без потерь возвратилась.