Кроме собственно архитектуры Щусев много занимался научной и общественной деятельностью — в 1943 году в солидной компании вместе с Борисом Асафьевым, Виктором Весниным, Робертом Виппером и Игорем Грабарем его избрали действительным членом Академии наук СССР, он был депутатом, заседал во всяких комиссиях и комитетах. Много ездил по стране, часто выезжал за границу.
Когда врачи настоятельно рекомендовали Щусеву пожить месяц-другой в санатории, подлечиться, он, не в силах терпеть безделье, вновь рвался в свою мастерскую, на работу, в Музей архитектуры или в Институт истории искусств, где руководил сектором, в Академию наук, в Архитектурный институт читать лекции (а оратором он был прекрасным, многим памятны его лекции в Политехническом музее) и т. д. и т. п. Иными словами, Алексей Викторович всю свою жизнь работал, будто на износ, прекрасно осознавая это. Обязанностей у него с годами было всё больше, а сил всё меньше.
Такая работоспособность не могла не сказаться на его здоровье. Неудивительно, что к своим семидесяти пяти годам — юбилей был торжественно отпразднован в 1948 году — Щусев собрал не только богатый урожай орденов и премий, но и приобрел букет хронических заболеваний: сердце, диабет, гипертония, астма и т. д. При этом Алексей Викторович, несмотря ни на что, дал себе зарок дожить до восьмидесяти пяти лет.
Физические недуги осложнялись непростой моральной обстановкой в семье. С супругой Марией Викентьевной они отметили золотую свадьбу, дом их был хлебосольным, а обеденный стол большим. Как вспоминал брат зодчего Павел Щусев: «Мария Викентьевна была ему преданной и любящей женой. Стараясь во всем помогать ему, она с первых же дней его архитектурной деятельности взяла на себя обслуживание помощников, которых он, по примеру своих академических учителей, всегда приглашал к завтраку и обеду. Во время частых разъездов Алексея Викторовича она очень терпеливо переносила его долгое отсутствие. Говоря однажды на лекции в Политехническом музее о великих итальянских мастерах, Алексей Викторович рассказывал о том, как разнообразно складывалась их жизнь. Одни из них рождались удачливыми, другим же, наоборот, успех доставался ценой тяжелого труда и глубоких переживаний. Сам Алексей Викторович принадлежал к числу удачливых, преуспевал и в творческой деятельности, и в личной жизни. Прекрасный семьянин, он очень любил своих детей. Встав утром, обычно начинал возиться, петь и играть с детьми, а когда они выросли, следил за их воспитанием». К концу жизни они переехали из Гагаринского переулка на Ленинский проспект, в дом, выстроенный по собственному проекту Щусева (ныне дом 13).