Для непосвященных жизнь академика напоминала полную чашу, до отказа забитую всеми возможными благами, причитавшимися лучшим представителям советской элиты: продуктовый распределитель, персональный автомобиль, личный секретарь, безбедное существование, спецполиклиники и больницы, санатории и т. п. Короче говоря, всё, о чем могло лишь мечтать подавляющее большинство советских граждан, получающих зарплату облигациями и работающих за трудодни. Но впечатление счастья было обманчиво. Всё было бы хорошо, если бы не тяжелая болезнь детей Щусевых.
Началась эта черная полоса примерно в году 1918-м, когда заболела менингитом младшая дочь. К ней Алексей Викторович был особенно привязан, последние дети — они ведь самые дорогие. Особенно любил он читать ей на ночь сказки, разыгрывая перед девочкой целый спектакль, пел для нее на гитаре. Девочку спасти не удалось.
Новым тяжким ударом была неожиданно обострившаяся болезнь старшего сына Петра. Он был очень похож на отца и по характеру, и по темпераменту, мог бы стать замечательным художником. Щусев видел в нем самого себя. Петр учился в Училище живописи, ваяния и зодчества. На последнем курсе, во время сдачи выпускных экзаменов, у него вдруг стали случаться приступы ярости или беспричинного веселья. Доктора объяснили Щусевым, что так проявил себя давно дремавший в сыне вялый вирус того же менингита. И вот когда организм ослаб, болезнь и наступила. Петра пришлось положить в клинику, выйти откуда шансов у него было немного. Затем эта же болезнь передалась его сестре Лидии, ставшей в итоге инвалидом.
Можно только представить, что творилось у Щусева на душе, как болело его сердце за детей, за тяжело переносившую все это жену. Теперь все свои надежды Алексей Викторович связывал с младшим сыном Михаилом, ставшим, к удовольствию отца, продолжателем его дела и работавшим в его мастерской (в будущем Михаил займет должность главного инженера Государственного института по проектированию научно-исследовательских институтов и лабораторий АН СССР).
В мае 1949 года неугомонный Щусев, занимавшийся еще и восстановлением Киева, вылетел в столицу Украины, наплевав на запрет докторов. Там его и свалил сердечный приступ. Его перевезли в Москву, но состояние зодчего было уже слишком тяжелым. 24 мая Алексей Викторович скончался.
В некрологе, напечатанном «Правдой», жизни и деятельности архитектора была дана самая высокая оценка:
«Памяти академика А. В. Щусева
Невозвратимую утрату понесла советская архитектура и архитектурная наука. Умер академик Алексей Викторович Щусев — талантливейший зодчий, выдающийся ученый, педагог и общественный деятель, которым по праву гордилась советская культура. Советские архитекторы лишились своего любимого руководителя, много лет стоявшего во главе прогрессивного архитектурного движения. Перестало биться сердце советского патриота, горячо любившего родную страну и ее передовое искусство.